More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1057 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1057  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
545 aa  1115    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  87.98 
 
 
548 aa  987    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  83.24 
 
 
544 aa  941    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  49.9 
 
 
770 aa  500  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  49.43 
 
 
521 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  48.31 
 
 
531 aa  488  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1017  O-succinylbenzoate--CoA ligase  44.23 
 
 
552 aa  449  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1028  putative AMP-dependent synthetase and ligase  45.8 
 
 
530 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0219794  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  48.96 
 
 
530 aa  440  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 
546 aa  304  2.0000000000000002e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 
520 aa  294  3e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 
508 aa  293  8e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 
525 aa  292  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 
521 aa  288  2e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 
518 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 
508 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 
662 aa  287  4e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.53 
 
 
503 aa  287  4e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 
508 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  35.6 
 
 
516 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 
512 aa  278  1e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 
551 aa  278  1e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  35.82 
 
 
503 aa  276  9e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 
553 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.61 
 
 
513 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.06 
 
 
529 aa  273  5.000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  35.39 
 
 
584 aa  273  8.000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 
499 aa  273  9e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  30.59 
 
 
518 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  34.6 
 
 
504 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 
495 aa  268  2e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 
520 aa  268  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 
509 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 
534 aa  267  4e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 
525 aa  266  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.31 
 
 
514 aa  265  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  34.78 
 
 
520 aa  265  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 
520 aa  265  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 
630 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  35.47 
 
 
522 aa  263  8e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 
517 aa  262  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 
587 aa  261  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  34 
 
 
522 aa  261  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 
518 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 
582 aa  257  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.14 
 
 
518 aa  257  3e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 
511 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 
498 aa  256  5e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.37 
 
 
517 aa  256  9e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.37 
 
 
517 aa  256  9e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.37 
 
 
517 aa  256  9e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  32.45 
 
 
496 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  32.45 
 
 
496 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  32.25 
 
 
496 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.56 
 
 
518 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 
507 aa  254  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.56 
 
 
518 aa  254  3e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.75 
 
 
518 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0237  AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 
602 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0280787 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 
526 aa  253  6e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 
576 aa  253  7e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 
576 aa  253  7e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 
570 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 
576 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 
576 aa  252  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 
576 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 
576 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2153  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 
591 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
561 aa  252  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 
512 aa  252  1e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  35.99 
 
 
504 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  31.44 
 
 
496 aa  252  2e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 
511 aa  251  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 
576 aa  251  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.46 
 
 
556 aa  251  3e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.46 
 
 
556 aa  251  3e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.37 
 
 
518 aa  250  4e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  35.47 
 
 
564 aa  251  4e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.46 
 
 
556 aa  250  4e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 
570 aa  250  5e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.02 
 
 
519 aa  249  8e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 
570 aa  249  9e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 
519 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 
534 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  35.63 
 
 
504 aa  249  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
520 aa  249  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4746  putative o-succinylbenzoate--CoA synthetase  31.59 
 
 
601 aa  249  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 
1043 aa  249  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  34.14 
 
 
552 aa  248  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.47 
 
 
579 aa  248  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  31.78 
 
 
575 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 
553 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 
508 aa  247  4e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  31.48 
 
 
576 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 
510 aa  246  6.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  32.04 
 
 
571 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0308  AMP-binding domain protein  30.19 
 
 
584 aa  245  9.999999999999999e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  34.69 
 
 
504 aa  246  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  31.43 
 
 
576 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.12 
 
 
510 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>