More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1017 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1017  O-succinylbenzoate--CoA ligase  100 
 
 		 552 aa  1131    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  54.13 
 
 		 531 aa  568  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 770 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  47.51 
 
 		 521 aa  474  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  44.42 
 
 		 544 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  44.36 
 
 		 548 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1057  AMP-dependent synthetase and ligase  44.23 
 
 		 545 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  46.96 
 
 		 530 aa  438  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1028  putative AMP-dependent synthetase and ligase  45.35 
 
 		 530 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0219794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 546 aa  290  4e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 506 aa  289  7e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 525 aa  281  2e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 555 aa  280  4e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  33.46 
 
 		 518 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 520 aa  273  7e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  33.64 
 
 		 584 aa  272  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 514 aa  272  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 518 aa  270  7e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  34.93 
 
 		 504 aa  270  7e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 553 aa  269  8e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 530 aa  269  8e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.52 
 
 		 555 aa  268  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 552 aa  267  4e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.08 
 
 		 519 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 548 aa  265  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 521 aa  265  2e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 		 550 aa  264  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 511 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  34.38 
 
 		 513 aa  262  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 561 aa  262  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  32.15 
 
 		 544 aa  261  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.02 
 
 		 525 aa  259  6e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 587 aa  259  1e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 499 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.72 
 
 		 524 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 552 aa  257  4e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  35.46 
 
 		 510 aa  256  6e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 512 aa  256  7e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 520 aa  255  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.3 
 
 		 513 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  34.07 
 
 		 571 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1818  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 563 aa  253  5.000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  normal  0.361334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  34.07 
 
 		 517 aa  252  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 522 aa  252  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  33.89 
 
 		 571 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  33.27 
 
 		 576 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 512 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  31.97 
 
 		 549 aa  252  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  32.65 
 
 		 551 aa  251  3e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  30.78 
 
 		 552 aa  250  4e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 520 aa  250  5e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  33.46 
 
 		 516 aa  249  8e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 532 aa  249  8e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 527 aa  249  9e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  33.94 
 
 		 537 aa  249  1e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 584 aa  249  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  33.94 
 
 		 537 aa  249  1e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  33.94 
 
 		 537 aa  249  1e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 495 aa  248  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  32.61 
 
 		 522 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  32.71 
 
 		 576 aa  248  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  31.6 
 
 		 549 aa  248  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 518 aa  247  4e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3655  AMP-binding domain protein  33.21 
 
 		 565 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 		 509 aa  247  4.9999999999999997e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 510 aa  247  4.9999999999999997e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  30.65 
 
 		 552 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  35.7 
 
 		 4575 aa  246  9e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 544 aa  246  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.12 
 
 		 512 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.69 
 
 		 515 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 		 513 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 630 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.68 
 
 		 510 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 		 506 aa  244  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 579 aa  244  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.68 
 
 		 510 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 553 aa  244  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  31.87 
 
 		 520 aa  243  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 582 aa  243  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.68 
 
 		 510 aa  243  7e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.49 
 
 		 510 aa  243  7e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  33.77 
 
 		 571 aa  243  7.999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 502 aa  243  7.999999999999999e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 564 aa  242  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 		 579 aa  243  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.68 
 
 		 510 aa  242  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4372  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 539 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.49 
 
 		 510 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 540 aa  241  2e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  33.14 
 
 		 560 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 508 aa  242  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.68 
 
 		 510 aa  241  2e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.49 
 
 		 510 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.67 
 
 		 517 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1121  AMP-binding domain protein  32.28 
 
 		 548 aa  241  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.131488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.67 
 
 		 517 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.67 
 
 		 517 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.49 
 
 		 510 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0870  AMP-binding domain protein  31.45 
 
 		 548 aa  241  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>