180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3510 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3510  type II secretion system protein  100 
 
 		 297 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.426579  normal  0.148834 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0074  type II secretion system protein  36.48 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.557722  normal  0.8398 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2364  putative putative tight adherence TadC-like transmembrane protein  27.71 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00226483  normal  0.0303282 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2911  type II secretion system protein  32.9 
 
 		 306 aa  92.4  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3011  type II secretion system protein  31.9 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2021  type II secretion system protein  31.48 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.477325  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1916  type II secretion system protein  26.36 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.141806  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55860  hypothetical protein  26.91 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2700  tight adherence protein TadC  31.29 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2322  type II secretion system protein  31.29 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2571  type II secretion system protein  28.98 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2823  type II secretion system protein  32.05 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0386  type II secretion system protein  31.14 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3964  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.273183 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4395  type II secretion system protein  28.31 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2649  type II secretion system protein  30.49 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0296  type II secretion system protein  33.55 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4867  hypothetical protein  28 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.234691  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0653  TadC protein  25.85 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4855  hypothetical protein  28.31 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1779  type II secretion system protein  30.1 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.708691  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2736  type II secretion system protein  32.17 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4864  type II secretion system protein  30.43 
 
 		 330 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0801  type II secretion system protein  27.56 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1638  type II secretion system protein  25.78 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.786377  normal  0.203569 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1107  type II secretion system protein  32.14 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107682  normal  0.160043 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5120  type II secretion system protein  30.25 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.229641  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0844  type II secretion system protein  27.85 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0650  putative tight adherence TadC-related transmembrane protein  30.08 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.640477  normal  0.167986 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1318  type II secretion system protein  27.93 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2276  hypothetical protein  29.48 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0639  type II secretion system protein  29.89 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2351  type II secretion system protein  25.82 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.357093 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1124  type II secretion system protein  26 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0315206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3093  type II secretion system protein  27.93 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2968  type II secretion system protein  27.93 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2694  type II secretion system protein  30.18 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002651  type II/IV secretion system protein TadC associated with Flp pilus assembly  28.99 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0424  type II secretion system protein  27.93 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.628499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3525  type II secretion system protein  29.13 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0543  type II secretion system protein  31.47 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0603407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2557  type II secretion system protein  26.16 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.59617  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0238  type II secretion system protein  26.18 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2365  hypothetical protein  30.56 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.195084  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0602  type II secretion system protein  30.47 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0897257  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2016  type II secretion system protein  28.62 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3208  type II secretion system protein  29.27 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.544767 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1831  type II secretion system protein  29.89 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1530  type II secretion system protein  26.48 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1053  type II secretion system protein  31.29 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4188  type II secretion system protein  25.21 
 
 		 328 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0746  type II secretion system protein  28.77 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.271129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1524  type II secretion system protein  32.87 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0992  type II secretion system protein  25.15 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236675  normal  0.765371 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5490  type II secretion system protein  28.88 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6776  type II secretion system protein  28.88 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6364  type II secretion system protein  28.88 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4481  type II secretion system protein  30.84 
 
 		 328 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7193  putative Flp pilus assembly protein TadC  28.09 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202721  normal  0.456008 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0793  TadC protein  29.44 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3718  type II secretion system protein  31.97 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4252  type II secretion system protein  32.28 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.960786  normal  0.358405 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4362  type II secretion system protein  32.28 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0728  type II secretion system protein  28.07 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.552842  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4002  type II secretion system protein  29.82 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0289268  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0552  type II secretion system protein  27.17 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7036  putative pilus assembly protein  28.29 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.452255 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4205  type II secretion system protein  31.61 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.125721  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1903  putative Flp pilus assembly protein TadC  27.17 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1125  type II secretion system protein  28.76 
 
 		 347 aa  70.1  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.394553  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0586  type II secretion system protein  29.89 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.180812  normal  0.546922 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1525  type II secretion system protein  26.34 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623315  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1045  type II secretion system protein  26.34 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1501  type II secretion system protein  26.34 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000870782 
 
 
-
 
NC_003296  RS02590  putative tight adherence TadC related transmembrane protein  31.29 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0806  type II secretion system protein  27.39 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1075  type II secretion system protein  29 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2832  type II secretion system protein  27.23 
 
 		 319 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.151252  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3118  type II secretion system protein  32 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.803425  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0300  type II secretion system protein  28.11 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2696  type II secretion system protein  32.24 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0581937  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3795  type II secretion system protein  29.61 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1447  type II secretion system protein  27.48 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1159  Type II secretion system F domain protein  28.31 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0644  type II secretion system protein  28.65 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.807912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2763  type II secretion system protein  29.66 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.613586 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2379  type II secretion system protein  28.44 
 
 		 321 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.306938  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1517  hypothetical protein  29.49 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.205257  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4665  Flp pilus assembly protein TadC  29.27 
 
 		 332 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502777  decreased coverage  0.000679832 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1772  type II secretion system protein  28.37 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233431  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1286  hypothetical protein  29.47 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.220204  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1946  hypothetical protein  29.47 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000366161  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1774  type II secretion system protein  29.47 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.162167  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0121  hypothetical protein  29.47 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00162648  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1793  type II secretion system protein  29.47 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.105995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1044  type II secretion system protein  29.47 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1407  type II secretion system protein  28.97 
 
 		 337 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4449  type II secretion system protein  27.56 
 
 		 319 aa  65.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2538  hypothetical protein  28.37 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6300  type II secretion system protein  30.29 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.923016 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>