More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0907 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0987  histidine kinase  45.77 
 
 
938 aa  785    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718308  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.96 
 
 
819 aa  705    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0907  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
919 aa  1903    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.651038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1037  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.81 
 
 
793 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.96 
 
 
1313 aa  290  1e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1556  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.39 
 
 
1397 aa  288  4e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0139  histidine kinase  34 
 
 
1064 aa  287  8e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  34.28 
 
 
1346 aa  283  1e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 
993 aa  281  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 
921 aa  281  5e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.39 
 
 
1442 aa  278  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1550 aa  277  8e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
816 aa  276  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1436 aa  267  8e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  34.36 
 
 
923 aa  266  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  35.17 
 
 
1309 aa  266  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 
818 aa  265  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  32.68 
 
 
1255 aa  265  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  33.76 
 
 
727 aa  265  3e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 
758 aa  263  8e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  34.07 
 
 
855 aa  261  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 
899 aa  262  3e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 
818 aa  260  7e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
914 aa  259  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.99 
 
 
1240 aa  258  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.54 
 
 
1230 aa  258  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  30.62 
 
 
1417 aa  258  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3018  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.89 
 
 
955 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0433784  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.88 
 
 
1767 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  28.91 
 
 
1200 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.01 
 
 
1767 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.01 
 
 
1767 aa  255  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0053  membrane associated response regulator,histidine kinase  30.22 
 
 
818 aa  254  6e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.255701  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0319  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 
636 aa  254  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  31.55 
 
 
1021 aa  254  7e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.58 
 
 
1267 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02404  putative sensor protein  31.12 
 
 
1236 aa  254  8.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.16 
 
 
929 aa  253  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.26 
 
 
1042 aa  252  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  30.03 
 
 
1626 aa  251  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.53 
 
 
1765 aa  251  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  28.55 
 
 
1763 aa  251  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 
1426 aa  251  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  34.28 
 
 
785 aa  251  5e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.74 
 
 
705 aa  250  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.84 
 
 
1398 aa  250  9e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.31 
 
 
1236 aa  249  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  28.59 
 
 
1765 aa  249  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  32.08 
 
 
1322 aa  249  2e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.31 
 
 
1236 aa  249  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.31 
 
 
1236 aa  249  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  33.58 
 
 
918 aa  249  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
1499 aa  248  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  28.35 
 
 
1188 aa  248  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.2 
 
 
933 aa  248  4e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  32.21 
 
 
785 aa  248  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 
1784 aa  248  4e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  33.58 
 
 
914 aa  248  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.36 
 
 
1771 aa  248  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.15 
 
 
1310 aa  248  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.29 
 
 
1316 aa  248  4.9999999999999997e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.83 
 
 
1238 aa  248  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.97 
 
 
1245 aa  248  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.83 
 
 
1238 aa  247  6e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2765  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.35 
 
 
949 aa  247  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.266073  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1308  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.35 
 
 
949 aa  247  8e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00392012  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.65 
 
 
1238 aa  247  9e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2844  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.35 
 
 
957 aa  247  9e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.436473  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 
1782 aa  247  9e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 
738 aa  246  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.99 
 
 
1625 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.83 
 
 
1238 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
1768 aa  245  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  33.14 
 
 
918 aa  244  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  34.22 
 
 
785 aa  244  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4966  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  30.74 
 
 
951 aa  244  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.292915 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.49 
 
 
1653 aa  243  9e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2456  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.66 
 
 
948 aa  243  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290959  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2511  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.66 
 
 
948 aa  243  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0476144 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  34.22 
 
 
785 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.78 
 
 
937 aa  243  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2798  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.68 
 
 
949 aa  243  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000245809  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 
782 aa  243  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2407  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.18 
 
 
948 aa  242  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000239257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.41 
 
 
1057 aa  242  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.57 
 
 
929 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2497  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.18 
 
 
948 aa  242  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147984  normal  0.803827 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1440  histidine kinase  31.67 
 
 
949 aa  241  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00541515  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.61 
 
 
796 aa  241  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.67 
 
 
949 aa  241  4e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3291  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.46 
 
 
933 aa  241  5e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.59315  hitchhiker  0.0011455 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.67 
 
 
949 aa  241  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  31.96 
 
 
1119 aa  241  5e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2615  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.18 
 
 
915 aa  241  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.544475 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3358  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.67 
 
 
949 aa  241  5e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00504503  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  32.85 
 
 
772 aa  241  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02145  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  31.79 
 
 
933 aa  240  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1223  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.68 
 
 
933 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.915072  hitchhiker  0.00275603 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02104  hypothetical protein  31.79 
 
 
933 aa  240  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3146  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.46 
 
 
933 aa  240  9e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.155765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>