More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1200 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3148  hybrid sensory histidine kinase BarA  66.35 
 
 		 932 aa  1238    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0238696  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02631  hybrid sensory histidine kinase, in two-component regulatory system with UvrY  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228632  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0902  Hpt sensor hybrid histidine kinase  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.594186  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.26 
 
 		 927 aa  759    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3550  hybrid sensory histidine kinase BarA  43.6 
 
 		 928 aa  704    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.189146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4117  hybrid sensory histidine kinase BarA  43.82 
 
 		 948 aa  733    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.598015  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3090  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000398111  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3457  hybrid sensory histidine kinase BarA  65.38 
 
 		 935 aa  1221    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3099  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.44 
 
 		 918 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.528607  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2520  hybrid sensory histidine kinase BarA  45.38 
 
 		 929 aa  763    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.314221  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2930  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3391  hybrid sensory histidine kinase BarA  43.23 
 
 		 931 aa  698    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0528  hybrid sensory histidine kinase BarA  42.29 
 
 		 926 aa  679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.178759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2924  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.301465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0847  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.71 
 
 		 918 aa  721    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0185431  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0790  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.36 
 
 		 906 aa  736    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.437862  normal  0.397369 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0813  hybrid sensory histidine kinase BarA  43.65 
 
 		 922 aa  711    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325502  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  100 
 
 		 933 aa  1920    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  74.95 
 
 		 937 aa  1422    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3146  hybrid sensory histidine kinase BarA  66.45 
 
 		 933 aa  1245    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.155765  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  63.41 
 
 		 941 aa  1176    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1223  hybrid sensory histidine kinase BarA  66.45 
 
 		 933 aa  1246    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.915072  hitchhiker  0.00275603 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3117  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.33 
 
 		 918 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.306406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3322  hybrid sensory histidine kinase BarA  43.08 
 
 		 930 aa  686    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000885025  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  45.05 
 
 		 932 aa  787    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4046  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0239535  normal  0.782421 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1191  hybrid sensory histidine kinase BarA  62.55 
 
 		 950 aa  1167    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000146059  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3180  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.44 
 
 		 918 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.359202 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3291  hybrid sensory histidine kinase BarA  66.45 
 
 		 933 aa  1244    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.59315  hitchhiker  0.0011455 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  68.38 
 
 		 929 aa  1309    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3355  hybrid sensory histidine kinase BarA  72.27 
 
 		 937 aa  1379    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0869798  hitchhiker  0.00259338 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02593  hypothetical protein  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252422  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1109  hybrid sensory histidine kinase BarA  65.42 
 
 		 935 aa  1218    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.715392 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1175  hybrid sensory histidine kinase BarA  65.63 
 
 		 935 aa  1224    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.846523  normal  0.0419846 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3087  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.27 
 
 		 918 aa  723    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000144797  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1047  hybrid sensory histidine kinase BarA  63.66 
 
 		 952 aa  1206    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0986  hybrid sensory histidine kinase BarA  43.92 
 
 		 921 aa  694    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000725177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0926  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.27 
 
 		 918 aa  723    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0352487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3164  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.55 
 
 		 918 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0703153 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  45.05 
 
 		 932 aa  793    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1109  hybrid sensory histidine kinase BarA  65.59 
 
 		 935 aa  1225    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3238  hybrid sensory histidine kinase BarA  43.68 
 
 		 918 aa  714    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.943664  normal  0.0194611 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2767  hybrid sensory histidine kinase BarA  65.56 
 
 		 933 aa  1223    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3451  hybrid sensory histidine kinase BarA  42.44 
 
 		 942 aa  678    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0803484  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3278  hybrid sensory histidine kinase BarA  44.44 
 
 		 918 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.225719 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  38.44 
 
 		 917 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1691  sensor histidine kinase/response regulator GacS  37.79 
 
 		 917 aa  545  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4582  sensor/response regulator hybrid  38.6 
 
 		 925 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 		 916 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52260  sensor/response regulator hybrid  38.05 
 
 		 925 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4222  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.57 
 
 		 922 aa  532  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.588582  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  37.47 
 
 		 905 aa  529  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1252  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 		 917 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376653  hitchhiker  0.0000592891 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 919 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4067  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.77 
 
 		 917 aa  515  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 		 956 aa  511  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1650  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.88 
 
 		 917 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.1856 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2240  sensor/response regulator hybrid  34.8 
 
 		 942 aa  437  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00499034 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  37.87 
 
 		 1042 aa  433  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1250  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 		 936 aa  431  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.59 
 
 		 1045 aa  423  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1887  transmission sensor LetS  30.35 
 
 		 910 aa  414  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1876  transmission sensor LetS  30.35 
 
 		 910 aa  412  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1635  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 		 930 aa  372  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.386153  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 		 929 aa  349  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.83 
 
 		 1611 aa  346  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 835 aa  342  2e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  31.69 
 
 		 923 aa  339  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.57 
 
 		 1331 aa  339  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 921 aa  335  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 		 1202 aa  335  3e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  36.68 
 
 		 1177 aa  334  4e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  31.97 
 
 		 1683 aa  334  4e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  33.44 
 
 		 1014 aa  334  6e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.32 
 
 		 909 aa  333  7.000000000000001e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  39.41 
 
 		 1135 aa  333  1e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.5 
 
 		 1363 aa  331  5.0000000000000004e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 		 1245 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 		 758 aa  330  5.0000000000000004e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.1 
 
 		 816 aa  328  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 1340 aa  327  8.000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  33.61 
 
 		 727 aa  326  2e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 		 1069 aa  325  2e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.46 
 
 		 1369 aa  325  2e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  34.12 
 
 		 2035 aa  325  3e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.01 
 
 		 1499 aa  324  4e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 		 1245 aa  324  4e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 1397 aa  323  7e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  36.95 
 
 		 1346 aa  323  9.999999999999999e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  32.78 
 
 		 1214 aa  323  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 		 812 aa  322  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  38.59 
 
 		 977 aa  320  1e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 1284 aa  318  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1670  ATPase domain-containing protein  32.57 
 
 		 750 aa  319  2e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.081803  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.38 
 
 		 1266 aa  317  7e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  37.04 
 
 		 847 aa  316  9.999999999999999e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  33.78 
 
 		 850 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.05 
 
 		 1267 aa  314  4.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.81 
 
 		 1768 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.48 
 
 		 1326 aa  314  5.999999999999999e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>