More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0319 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0413  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  63.48 
 
 
649 aa  732    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.486331 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0319  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
636 aa  1254    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0407  ATP-binding region, ATPase-like  62.6 
 
 
650 aa  751    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0315  multi-sensor hybrid histidine kinase  63.42 
 
 
757 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.38 
 
 
752 aa  623  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.55 
 
 
745 aa  604  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0119  Signal transduction histidine kinase  59.55 
 
 
754 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.959467  normal  0.1561 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.74 
 
 
700 aa  362  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.434534  normal  0.941332 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0210  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.02 
 
 
708 aa  362  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.46 
 
 
713 aa  360  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4428  PAS sensor protein  44.02 
 
 
693 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.426756 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4938  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.13 
 
 
686 aa  352  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3595  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 
744 aa  343  4e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3680  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.44 
 
 
744 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.614037  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2393  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.77 
 
 
676 aa  335  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822967 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 
1363 aa  330  4e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 
929 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  36.48 
 
 
1014 aa  327  5e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1191  hybrid sensory histidine kinase BarA  37.83 
 
 
950 aa  324  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000146059  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 
925 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
1550 aa  322  1.9999999999999998e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
950 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  38.04 
 
 
852 aa  319  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.87 
 
 
1064 aa  318  2e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.99 
 
 
816 aa  317  5e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.48 
 
 
916 aa  316  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 
1069 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  37.76 
 
 
1407 aa  314  2.9999999999999996e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
1369 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  38.14 
 
 
850 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
1767 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.23 
 
 
1202 aa  309  8e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
1767 aa  309  9e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 
946 aa  308  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.97 
 
 
2213 aa  307  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  38.14 
 
 
727 aa  308  3e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  38.2 
 
 
1135 aa  307  4.0000000000000004e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
928 aa  306  6e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3235  histidine kinase  39.69 
 
 
647 aa  306  8.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.2 
 
 
770 aa  306  8.000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 
833 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  35.34 
 
 
1763 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0425  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.83 
 
 
893 aa  305  2.0000000000000002e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
1397 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
1771 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0437  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 
1130 aa  303  6.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454643  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
1033 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.31 
 
 
1442 aa  303  6.000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  38.68 
 
 
1177 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4113  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 
801 aa  303  9e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0059237 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  35.95 
 
 
1322 aa  301  2e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  35.65 
 
 
1346 aa  301  2e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  39.81 
 
 
918 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 
936 aa  301  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 
921 aa  301  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1650  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 
917 aa  301  3e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.1856 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 
909 aa  301  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
758 aa  300  4e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.37 
 
 
916 aa  300  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 
835 aa  300  5e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 
1765 aa  300  5e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
1767 aa  300  6e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 
1611 aa  300  6e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  38.91 
 
 
923 aa  299  9e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 
1820 aa  299  9e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.42 
 
 
929 aa  298  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 
1784 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.73 
 
 
1240 aa  298  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 
830 aa  297  4e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1398 aa  297  4e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  38.62 
 
 
914 aa  297  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 
993 aa  297  4e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.21 
 
 
1313 aa  296  5e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
1326 aa  296  6e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  34.46 
 
 
1765 aa  296  7e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4067  multi-sensor hybrid histidine kinase  38 
 
 
917 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125923  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1252  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.45 
 
 
917 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376653  hitchhiker  0.0000592891 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  37.48 
 
 
941 aa  295  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
1792 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 
1622 aa  296  1e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 
1260 aa  295  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
1786 aa  296  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
1245 aa  296  1e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
1310 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 
1305 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.58 
 
 
682 aa  295  2e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
1040 aa  295  2e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.64 
 
 
818 aa  295  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4582  sensor/response regulator hybrid  38.23 
 
 
925 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.81 
 
 
1284 aa  294  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  37.12 
 
 
905 aa  294  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.11 
 
 
933 aa  294  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 
705 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  36.45 
 
 
917 aa  293  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 
1582 aa  293  8e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3355  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.74 
 
 
937 aa  293  9e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0869798  hitchhiker  0.00259338 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
919 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.7 
 
 
1782 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.48 
 
 
818 aa  293  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 
1255 aa  292  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>