More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3526 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  100 
 
 		 617 aa  1261    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  48.68 
 
 		 614 aa  561  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  52.66 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  39.11 
 
 		 634 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  34.15 
 
 		 641 aa  343  4e-93  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  32.1 
 
 		 615 aa  302  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  29.47 
 
 		 615 aa  276  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  32.02 
 
 		 557 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  31.42 
 
 		 553 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  29.75 
 
 		 552 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  30.35 
 
 		 556 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  30.18 
 
 		 556 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  30.19 
 
 		 554 aa  220  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1675  UvrD/REP helicase family protein  41.31 
 
 		 212 aa  140  7e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0387557  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  24.57 
 
 		 677 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.71 
 
 		 670 aa  109  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  24.49 
 
 		 678 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.5 
 
 		 748 aa  107  5e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 768 aa  106  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5316  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.84 
 
 		 669 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.640166  normal  0.0761543 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5519  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.11 
 
 		 669 aa  106  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0641  UvrD/REP helicase  23.56 
 
 		 602 aa  106  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  25.24 
 
 		 722 aa  104  4e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.36 
 
 		 662 aa  104  5e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0206  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.36 
 
 		 669 aa  104  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0188843 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  22.87 
 
 		 754 aa  104  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5264  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.88 
 
 		 669 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.88 
 
 		 669 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  23.31 
 
 		 665 aa  103  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 		 682 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  24.12 
 
 		 678 aa  101  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  23.96 
 
 		 678 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.35 
 
 		 658 aa  101  5e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0075  ATP-dependent DNA helicase RepA  24.45 
 
 		 669 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.688079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.32 
 
 		 718 aa  100  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.14 
 
 		 669 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.27 
 
 		 726 aa  99.8  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03620  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.88 
 
 		 640 aa  99  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  23.27 
 
 		 648 aa  98.6  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  24.21 
 
 		 706 aa  98.6  3e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  23.27 
 
 		 648 aa  98.6  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.33 
 
 		 713 aa  98.2  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  23.62 
 
 		 749 aa  97.8  6e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  28.08 
 
 		 783 aa  96.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.35 
 
 		 783 aa  96.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  25.04 
 
 		 708 aa  96.3  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.06 
 
 		 745 aa  94.7  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  24.45 
 
 		 671 aa  95.1  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  23.89 
 
 		 731 aa  94.7  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0070  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.31 
 
 		 671 aa  94.7  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3266  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.48 
 
 		 670 aa  94.7  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  25.08 
 
 		 829 aa  94  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06202  hypothetical protein  41.53 
 
 		 163 aa  94  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0374  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.18 
 
 		 671 aa  94  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.22 
 
 		 690 aa  93.6  9e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.2 
 
 		 672 aa  93.6  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  23.75 
 
 		 706 aa  93.6  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  26.65 
 
 		 787 aa  93.2  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 		 800 aa  92.8  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  24.46 
 
 		 722 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0376  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.33 
 
 		 671 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.158989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3650  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.33 
 
 		 671 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  25.2 
 
 		 705 aa  92.8  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.08 
 
 		 932 aa  92.4  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5211  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.41 
 
 		 673 aa  92  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  25.62 
 
 		 946 aa  92  3e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  25.62 
 
 		 946 aa  92  3e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.82 
 
 		 667 aa  91.7  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  25.24 
 
 		 653 aa  91.7  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1120  UvrD/REP helicase  24.13 
 
 		 728 aa  91.7  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169782  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3599  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.04 
 
 		 670 aa  91.3  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3990  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.5 
 
 		 670 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.52 
 
 		 729 aa  91.3  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 625 aa  91.3  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  24.27 
 
 		 722 aa  90.9  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.1 
 
 		 751 aa  90.9  6e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  24.27 
 
 		 722 aa  90.9  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  24.27 
 
 		 722 aa  90.9  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.73 
 
 		 685 aa  90.9  6e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  22.2 
 
 		 742 aa  90.9  6e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4199  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.89 
 
 		 673 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.27 
 
 		 659 aa  90.5  7e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  23.44 
 
 		 787 aa  90.9  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0339  UvrD/REP helicase  30.35 
 
 		 687 aa  90.9  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  24.45 
 
 		 786 aa  90.9  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 714 aa  90.5  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0151  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.6 
 
 		 674 aa  90.5  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1537  UvrD/REP helicase  30.2 
 
 		 688 aa  90.1  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  23.99 
 
 		 707 aa  90.5  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4193  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.72 
 
 		 674 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.79 
 
 		 756 aa  90.1  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  25.31 
 
 		 721 aa  89.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 		 621 aa  90.1  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.75 
 
 		 671 aa  90.1  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 735 aa  90.1  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4225  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.89 
 
 		 673 aa  89.7  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.2 
 
 		 763 aa  90.1  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3994  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.89 
 
 		 673 aa  89.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4142  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.89 
 
 		 673 aa  89.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 790 aa  89.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>