More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2953 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 615 aa  1267    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  35.14 
 
 		 615 aa  333  6e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  35.2 
 
 		 641 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  33.99 
 
 		 614 aa  301  2e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  32.79 
 
 		 634 aa  287  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  29.47 
 
 		 617 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  30.45 
 
 		 552 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  29.32 
 
 		 553 aa  227  6e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  30.34 
 
 		 556 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  29.71 
 
 		 556 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  28.79 
 
 		 557 aa  206  8e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  28.88 
 
 		 554 aa  171  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  27.69 
 
 		 421 aa  158  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1675  UvrD/REP helicase family protein  36.41 
 
 		 212 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0387557  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 		 731 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06202  hypothetical protein  44.44 
 
 		 163 aa  104  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0795  UvrD/REP helicase  22.79 
 
 		 639 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.790736  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  22.1 
 
 		 659 aa  99  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  24.04 
 
 		 689 aa  99.4  2e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  24.81 
 
 		 689 aa  98.2  4e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  20.09 
 
 		 726 aa  97.8  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  22.73 
 
 		 723 aa  96.3  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  23.17 
 
 		 625 aa  95.5  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  22.04 
 
 		 646 aa  95.5  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  22.47 
 
 		 755 aa  94.7  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  22.68 
 
 		 720 aa  94.4  6e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  22.88 
 
 		 681 aa  94  8e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  21.59 
 
 		 712 aa  94  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.98 
 
 		 671 aa  93.2  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  24.27 
 
 		 698 aa  92  3e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  21.44 
 
 		 659 aa  91.3  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3266  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.36 
 
 		 670 aa  91.3  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  22.48 
 
 		 769 aa  90.9  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.73 
 
 		 849 aa  90.5  8e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 		 946 aa  89  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 		 946 aa  89  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  22.81 
 
 		 726 aa  88.2  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  21.44 
 
 		 727 aa  87.8  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  21.44 
 
 		 671 aa  87.8  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  24.93 
 
 		 721 aa  88.2  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  26.12 
 
 		 666 aa  87.8  6e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.87 
 
 		 818 aa  87.4  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  22.69 
 
 		 682 aa  87.4  7e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.69 
 
 		 734 aa  87  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  24.59 
 
 		 597 aa  86.3  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  23.21 
 
 		 826 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  21.46 
 
 		 688 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  24.46 
 
 		 641 aa  87  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.21 
 
 		 816 aa  86.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  21.82 
 
 		 682 aa  85.9  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.37 
 
 		 745 aa  85.1  0.000000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3651  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.26 
 
 		 682 aa  84.7  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  22.66 
 
 		 684 aa  84.3  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4301  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.28 
 
 		 674 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4124  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.28 
 
 		 707 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4139  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.28 
 
 		 674 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4242  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.28 
 
 		 674 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.907548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.55 
 
 		 682 aa  84  0.000000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  20.87 
 
 		 768 aa  84  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  21.14 
 
 		 688 aa  84  0.000000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  22.47 
 
 		 1050 aa  84  0.000000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  21.71 
 
 		 728 aa  84  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  27.89 
 
 		 679 aa  83.6  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  21.11 
 
 		 728 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.14 
 
 		 688 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  25.28 
 
 		 723 aa  83.6  0.00000000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  20.95 
 
 		 728 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  21.11 
 
 		 728 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  25.91 
 
 		 677 aa  83.2  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  22.92 
 
 		 722 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  22.28 
 
 		 681 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.46 
 
 		 677 aa  82.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  28.46 
 
 		 677 aa  82.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  23.59 
 
 		 822 aa  82.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  22.04 
 
 		 743 aa  82.4  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  21.53 
 
 		 728 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  24.23 
 
 		 657 aa  82.4  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.94 
 
 		 685 aa  82.4  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  21.92 
 
 		 749 aa  82  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.6 
 
 		 718 aa  81.3  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.12 
 
 		 1119 aa  81.6  0.00000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  24.17 
 
 		 1150 aa  81.3  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0950  UvrD/REP helicase  24.71 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000846771 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  23.83 
 
 		 746 aa  81.3  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.1 
 
 		 657 aa  80.9  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  23.51 
 
 		 722 aa  80.9  0.00000000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  21.22 
 
 		 728 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  20.69 
 
 		 724 aa  80.9  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  22.65 
 
 		 793 aa  80.9  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  22.24 
 
 		 1101 aa  80.9  0.00000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.1 
 
 		 688 aa  80.9  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  21.05 
 
 		 727 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.74 
 
 		 688 aa  80.9  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.56 
 
 		 787 aa  80.5  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  24.51 
 
 		 688 aa  80.5  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  22.9 
 
 		 684 aa  80.5  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  22.9 
 
 		 684 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  22.9 
 
 		 684 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  22.9 
 
 		 684 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  22.52 
 
 		 1164 aa  79.7  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.579512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>