More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0195 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  100 
 
 		 614 aa  1276    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  48.68 
 
 		 617 aa  578  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  48.09 
 
 		 421 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  36.2 
 
 		 634 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  36.12 
 
 		 615 aa  338  9.999999999999999e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  33.93 
 
 		 615 aa  320  6e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  33.54 
 
 		 641 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  33.11 
 
 		 553 aa  276  7e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  32.09 
 
 		 554 aa  265  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  31.74 
 
 		 557 aa  260  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  31.99 
 
 		 556 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  31.99 
 
 		 556 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  29.51 
 
 		 552 aa  233  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  24.77 
 
 		 648 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  24.77 
 
 		 648 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  26.74 
 
 		 731 aa  127  7e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.92 
 
 		 671 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  25.2 
 
 		 722 aa  124  7e-27  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1675  UvrD/REP helicase family protein  39.81 
 
 		 212 aa  122  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0387557  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.88 
 
 		 745 aa  121  3e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.23 
 
 		 748 aa  120  7.999999999999999e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 728 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 706 aa  118  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  24.76 
 
 		 671 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  24.76 
 
 		 671 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 845 aa  117  6e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 783 aa  117  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  24.52 
 
 		 682 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.54 
 
 		 731 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  26.3 
 
 		 787 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  26.58 
 
 		 788 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.24 
 
 		 694 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  24.92 
 
 		 723 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.32 
 
 		 677 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  23.12 
 
 		 706 aa  112  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  24.72 
 
 		 721 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  25.89 
 
 		 726 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  24.52 
 
 		 755 aa  110  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  24.17 
 
 		 677 aa  110  6e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  23.48 
 
 		 773 aa  110  7.000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.24 
 
 		 713 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  24.34 
 
 		 679 aa  109  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0300  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.86 
 
 		 677 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  25.21 
 
 		 657 aa  109  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  23.93 
 
 		 672 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.2 
 
 		 742 aa  108  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 682 aa  108  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  25.32 
 
 		 724 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  24.53 
 
 		 735 aa  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  26.27 
 
 		 685 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0070  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.29 
 
 		 671 aa  108  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  23.91 
 
 		 749 aa  108  4e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  25.9 
 
 		 735 aa  107  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  23.31 
 
 		 724 aa  107  6e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.65 
 
 		 725 aa  107  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  25.3 
 
 		 798 aa  107  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.69 
 
 		 726 aa  107  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  23.93 
 
 		 764 aa  107  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.12 
 
 		 730 aa  106  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.12 
 
 		 730 aa  106  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  26.61 
 
 		 712 aa  106  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 		 795 aa  106  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  23.76 
 
 		 754 aa  106  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 735 aa  105  2e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  24.75 
 
 		 795 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0199  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.44 
 
 		 674 aa  106  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.16 
 
 		 734 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  23.99 
 
 		 757 aa  104  4e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.74 
 
 		 682 aa  104  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1786  UvrD/REP helicase  23.43 
 
 		 753 aa  104  4e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.150063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  23.42 
 
 		 678 aa  104  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.65 
 
 		 755 aa  105  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  23.22 
 
 		 678 aa  104  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.04 
 
 		 718 aa  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.04 
 
 		 672 aa  104  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  23.83 
 
 		 708 aa  104  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.09 
 
 		 729 aa  103  7e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.55 
 
 		 667 aa  103  9e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  22.95 
 
 		 668 aa  103  9e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  24.7 
 
 		 768 aa  103  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  24.61 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  24.73 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.92 
 
 		 783 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.92 
 
 		 787 aa  103  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 727 aa  103  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  24.29 
 
 		 715 aa  102  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  22.64 
 
 		 900 aa  102  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  23.19 
 
 		 760 aa  102  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 733 aa  102  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  25 
 
 		 698 aa  101  3e-20  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  27.66 
 
 		 783 aa  102  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  24.25 
 
 		 726 aa  101  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.08 
 
 		 766 aa  101  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>