More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3681 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  100 
 
 		 552 aa  1137    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  53.48 
 
 		 557 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  52 
 
 		 553 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  51.79 
 
 		 556 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  51.79 
 
 		 556 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  51.44 
 
 		 554 aa  546  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  31.56 
 
 		 615 aa  295  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  30.38 
 
 		 641 aa  270  4e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  30.45 
 
 		 615 aa  238  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  29.75 
 
 		 617 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  29.51 
 
 		 614 aa  219  7e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  30.08 
 
 		 421 aa  145  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  35.68 
 
 		 634 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  25.25 
 
 		 722 aa  114  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  24.92 
 
 		 720 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 722 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 722 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 722 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 722 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 722 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 722 aa  113  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 720 aa  111  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  24.92 
 
 		 720 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  24.26 
 
 		 722 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  24.75 
 
 		 722 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  25.16 
 
 		 728 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  24.63 
 
 		 726 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  22.51 
 
 		 722 aa  107  6e-22  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  24.59 
 
 		 721 aa  107  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  25.28 
 
 		 720 aa  107  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  25.28 
 
 		 720 aa  107  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  25.28 
 
 		 720 aa  107  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  25.28 
 
 		 720 aa  107  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  25.28 
 
 		 720 aa  107  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  25.28 
 
 		 720 aa  107  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  25.28 
 
 		 720 aa  107  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  25.28 
 
 		 720 aa  107  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  24.26 
 
 		 721 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  23.76 
 
 		 721 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  24.34 
 
 		 720 aa  105  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.16 
 
 		 713 aa  104  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  24.79 
 
 		 726 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 720 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 720 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 720 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 720 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 720 aa  101  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06202  hypothetical protein  35.57 
 
 		 163 aa  100  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.87 
 
 		 751 aa  99.8  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  23.7 
 
 		 788 aa  98.6  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  22.75 
 
 		 814 aa  97.8  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  22.66 
 
 		 735 aa  97.4  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3473  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.37 
 
 		 669 aa  96.3  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.406551 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  23.71 
 
 		 662 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1675  UvrD/REP helicase family protein  51.52 
 
 		 212 aa  95.9  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0387557  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.71 
 
 		 662 aa  95.5  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  22.69 
 
 		 706 aa  94.7  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  23.68 
 
 		 687 aa  94.7  4e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  23.76 
 
 		 786 aa  94.4  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  23.74 
 
 		 734 aa  93.2  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  25.49 
 
 		 721 aa  92.8  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  23.56 
 
 		 829 aa  92.8  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.35 
 
 		 671 aa  92  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  25.3 
 
 		 573 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  22.4 
 
 		 809 aa  92.8  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  23.6 
 
 		 786 aa  92.4  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  25.3 
 
 		 573 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  25.46 
 
 		 689 aa  91.3  4e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  22.51 
 
 		 724 aa  90.5  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  24.52 
 
 		 727 aa  90.9  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0128  putative ATP-dependent DNA helicase rep protein  27.87 
 
 		 693 aa  90.1  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570689  normal  0.018111 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.36 
 
 		 787 aa  90.5  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.7 
 
 		 671 aa  90.1  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  25.91 
 
 		 727 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  27.11 
 
 		 728 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 		 731 aa  89.4  1e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  24.89 
 
 		 723 aa  90.1  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  28.49 
 
 		 728 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.19 
 
 		 765 aa  89.7  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  28.49 
 
 		 728 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.24 
 
 		 671 aa  89.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  27.11 
 
 		 728 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  23.03 
 
 		 671 aa  88.2  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 		 1001 aa  88.6  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4281  UvrD/REP helicase  27.65 
 
 		 716 aa  88.6  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344477  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  23.58 
 
 		 787 aa  88.6  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  21.24 
 
 		 698 aa  88.6  3e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  26.45 
 
 		 720 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  27.11 
 
 		 729 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1474  UvrD/REP helicase  21.94 
 
 		 781 aa  87  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.517963 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  22.88 
 
 		 671 aa  87  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1120  UvrD/REP helicase  24.43 
 
 		 728 aa  87  8e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169782  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3266  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.19 
 
 		 670 aa  86.7  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  27.5 
 
 		 709 aa  86.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  23.15 
 
 		 793 aa  86.3  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.1 
 
 		 833 aa  85.9  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  27.54 
 
 		 727 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.81 
 
 		 768 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  22.84 
 
 		 625 aa  85.5  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  22.28 
 
 		 630 aa  85.1  0.000000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>