More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2560 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  56.1 
 
 		 556 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 553 aa  1122    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  56.1 
 
 		 556 aa  639    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  71.07 
 
 		 554 aa  798    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  59.53 
 
 		 557 aa  653    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  52 
 
 		 552 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  31.53 
 
 		 615 aa  296  7e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  33.11 
 
 		 614 aa  263  8.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  31.42 
 
 		 617 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  31.15 
 
 		 634 aa  237  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  29.32 
 
 		 615 aa  227  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  31.82 
 
 		 641 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  30.36 
 
 		 421 aa  168  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  23.59 
 
 		 678 aa  120  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  25.08 
 
 		 669 aa  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  23.54 
 
 		 678 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.44 
 
 		 858 aa  113  8.000000000000001e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.32 
 
 		 757 aa  113  9e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.72 
 
 		 669 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0075  ATP-dependent DNA helicase RepA  24.88 
 
 		 669 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.688079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 768 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  26.21 
 
 		 1050 aa  110  8.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  24.8 
 
 		 742 aa  109  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0253  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.29 
 
 		 669 aa  107  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  25.34 
 
 		 689 aa  105  2e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  23.21 
 
 		 706 aa  103  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  27.1 
 
 		 721 aa  103  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.87 
 
 		 672 aa  103  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.1 
 
 		 747 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  24.77 
 
 		 726 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  27.1 
 
 		 1078 aa  102  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.67 
 
 		 706 aa  102  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  21.96 
 
 		 754 aa  101  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06202  hypothetical protein  39.46 
 
 		 163 aa  101  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  22.94 
 
 		 751 aa  101  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.94 
 
 		 751 aa  101  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.8 
 
 		 765 aa  101  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.94 
 
 		 747 aa  100  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  24.23 
 
 		 720 aa  100  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  22.94 
 
 		 753 aa  100  5e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.94 
 
 		 751 aa  100  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.6 
 
 		 741 aa  100  5e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  24.23 
 
 		 720 aa  100  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.97 
 
 		 731 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  24.23 
 
 		 720 aa  100  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  24.23 
 
 		 720 aa  100  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  24.23 
 
 		 720 aa  100  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  24.23 
 
 		 720 aa  100  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  24.23 
 
 		 720 aa  100  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  24.23 
 
 		 720 aa  100  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  25.12 
 
 		 620 aa  100  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  24.27 
 
 		 689 aa  100  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  24.03 
 
 		 720 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 735 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  24.27 
 
 		 1082 aa  99.4  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 		 653 aa  99  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  22.81 
 
 		 722 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  24.05 
 
 		 724 aa  99  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  23.82 
 
 		 727 aa  99.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 		 669 aa  98.6  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  24.88 
 
 		 720 aa  98.6  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  25.08 
 
 		 721 aa  98.6  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.78 
 
 		 751 aa  98.2  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5519  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.33 
 
 		 669 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277049 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.61 
 
 		 729 aa  97.8  4e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  25.23 
 
 		 723 aa  98.2  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.78 
 
 		 747 aa  98.2  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  24.55 
 
 		 721 aa  97.8  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  24.96 
 
 		 762 aa  97.8  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 724 aa  97.4  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.82 
 
 		 753 aa  97.4  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  24.25 
 
 		 720 aa  97.4  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  22.96 
 
 		 666 aa  97.1  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  25.08 
 
 		 723 aa  97.4  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  24.6 
 
 		 717 aa  97.1  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  24.64 
 
 		 721 aa  97.1  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.27 
 
 		 756 aa  96.7  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  27.9 
 
 		 726 aa  96.7  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  25.23 
 
 		 723 aa  96.7  9e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  22.36 
 
 		 726 aa  96.3  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  23.39 
 
 		 721 aa  96.3  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  27.05 
 
 		 678 aa  96.3  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  23.9 
 
 		 723 aa  95.9  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69910  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.11 
 
 		 669 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1675  UvrD/REP helicase family protein  62.34 
 
 		 212 aa  95.5  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0387557  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  23.94 
 
 		 709 aa  95.1  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5316  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.45 
 
 		 669 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.640166  normal  0.0761543 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.82 
 
 		 753 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  23.94 
 
 		 709 aa  95.1  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  23.09 
 
 		 720 aa  94.7  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 		 668 aa  94.7  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 		 845 aa  94.7  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.11 
 
 		 685 aa  94.7  4e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5264  ATP-dependent DNA helicase Rep  25 
 
 		 669 aa  94  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  25 
 
 		 669 aa  94  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  23.75 
 
 		 720 aa  93.6  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  25 
 
 		 729 aa  93.6  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0206  ATP-dependent DNA helicase Rep  25 
 
 		 669 aa  93.6  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0188843 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  23.76 
 
 		 706 aa  93.6  9e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.62 
 
 		 682 aa  93.6  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>