More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0047 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  100 
 
 		 634 aa  1313    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  39.08 
 
 		 617 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  36.66 
 
 		 641 aa  399  1e-109  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  35.25 
 
 		 614 aa  373  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  34.21 
 
 		 615 aa  351  3e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  32.79 
 
 		 615 aa  303  7.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  40.1 
 
 		 421 aa  302  1e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  32.79 
 
 		 557 aa  277  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  33.83 
 
 		 554 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  31.86 
 
 		 553 aa  250  6e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 		 556 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 		 556 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  29.1 
 
 		 552 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1675  UvrD/REP helicase family protein  46.57 
 
 		 212 aa  142  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0387557  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  25.2 
 
 		 657 aa  107  9e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06202  hypothetical protein  45.08 
 
 		 163 aa  105  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  24.84 
 
 		 728 aa  100  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.07 
 
 		 756 aa  95.1  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  25.63 
 
 		 721 aa  93.6  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  24.69 
 
 		 722 aa  93.6  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  24.96 
 
 		 705 aa  93.6  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  24.53 
 
 		 722 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  24.53 
 
 		 722 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  24.53 
 
 		 722 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  24.41 
 
 		 768 aa  91.3  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  26.69 
 
 		 845 aa  91.3  5e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2706  UvrD/REP helicase  22.27 
 
 		 704 aa  90.9  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.341733 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  23.88 
 
 		 731 aa  90.9  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 722 aa  90.9  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.77 
 
 		 741 aa  90.9  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.29 
 
 		 662 aa  90.5  8e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  22.33 
 
 		 722 aa  89.7  1e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.28 
 
 		 672 aa  90.1  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.2 
 
 		 795 aa  90.1  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  22.19 
 
 		 666 aa  90.1  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  23.31 
 
 		 646 aa  89.4  2e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  23.68 
 
 		 764 aa  89.7  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  24.65 
 
 		 722 aa  88.6  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  24.65 
 
 		 722 aa  88.2  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  24.72 
 
 		 786 aa  87.8  6e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  24.65 
 
 		 722 aa  87.4  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 722 aa  87  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  26.99 
 
 		 743 aa  86.7  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  23.87 
 
 		 724 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  23.22 
 
 		 755 aa  85.5  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  30.83 
 
 		 508 aa  85.9  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 		 735 aa  86.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  23.58 
 
 		 723 aa  85.5  0.000000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  27.53 
 
 		 728 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.42 
 
 		 665 aa  84.7  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.2 
 
 		 794 aa  84.7  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0306  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.6 
 
 		 802 aa  84  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.51 
 
 		 747 aa  84  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  24.42 
 
 		 814 aa  83.6  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.74 
 
 		 670 aa  84  0.000000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  26.72 
 
 		 728 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 714 aa  83.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.62 
 
 		 659 aa  83.6  0.00000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.85 
 
 		 665 aa  83.6  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  22.62 
 
 		 706 aa  83.6  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.81 
 
 		 753 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.5 
 
 		 748 aa  83.6  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  26.72 
 
 		 728 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.96 
 
 		 751 aa  82.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.96 
 
 		 747 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  23.96 
 
 		 753 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  23.96 
 
 		 751 aa  82.8  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  25.74 
 
 		 727 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  27.78 
 
 		 737 aa  82.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03271  UvrD/REP helicase  23.77 
 
 		 802 aa  82.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  26.28 
 
 		 729 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 		 707 aa  82.4  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.96 
 
 		 751 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.58 
 
 		 710 aa  82.4  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.35 
 
 		 741 aa  82  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  27.52 
 
 		 738 aa  82  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03371  UvrD/REP helicase  23.59 
 
 		 802 aa  82  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.92 
 
 		 718 aa  81.6  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.66 
 
 		 753 aa  81.6  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  22.44 
 
 		 648 aa  81.3  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  22.44 
 
 		 648 aa  81.3  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03281  UvrD/REP helicase  23.56 
 
 		 802 aa  81.3  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  21.86 
 
 		 724 aa  80.5  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.27 
 
 		 738 aa  80.5  0.00000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  23.55 
 
 		 754 aa  80.5  0.00000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  26.55 
 
 		 735 aa  80.5  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.81 
 
 		 751 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  27.01 
 
 		 727 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  24.21 
 
 		 1075 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.81 
 
 		 747 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  22.74 
 
 		 706 aa  79.7  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  27.25 
 
 		 727 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  26.46 
 
 		 728 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  23.06 
 
 		 1016 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  24.88 
 
 		 727 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  24.55 
 
 		 797 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 738 aa  79.3  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2919  UvrD/REP helicase  23.04 
 
 		 621 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1537  UvrD/REP helicase  26.22 
 
 		 688 aa  79.3  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  27.3 
 
 		 722 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>