More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4275 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  71.07 
 
 		 553 aa  798    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  58.89 
 
 		 557 aa  636    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 554 aa  1131    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  54.56 
 
 		 556 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  54.56 
 
 		 556 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  51.44 
 
 		 552 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  33.1 
 
 		 615 aa  298  1e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  32.09 
 
 		 614 aa  251  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  33 
 
 		 634 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  30.19 
 
 		 617 aa  220  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  31.96 
 
 		 641 aa  199  9e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  28.88 
 
 		 615 aa  171  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  29.9 
 
 		 421 aa  161  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  25.24 
 
 		 722 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  25.72 
 
 		 657 aa  118  3e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  24.92 
 
 		 722 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  25.39 
 
 		 722 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  25.39 
 
 		 722 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  25.39 
 
 		 722 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  24.92 
 
 		 722 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  25.28 
 
 		 722 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  24.92 
 
 		 722 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  24.92 
 
 		 722 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  25.16 
 
 		 722 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.15 
 
 		 662 aa  114  6e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  25.2 
 
 		 727 aa  114  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  22.96 
 
 		 638 aa  112  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 		 706 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  26.47 
 
 		 1050 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.39 
 
 		 659 aa  110  6e-23  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  25 
 
 		 721 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  24.68 
 
 		 721 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.84 
 
 		 738 aa  108  3e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  24.96 
 
 		 738 aa  107  4e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.11 
 
 		 754 aa  108  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.92 
 
 		 658 aa  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  24.52 
 
 		 726 aa  107  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.87 
 
 		 658 aa  107  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.4 
 
 		 671 aa  107  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  23.63 
 
 		 685 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 		 1082 aa  106  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  24.23 
 
 		 721 aa  106  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 738 aa  105  3e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4007  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.76 
 
 		 673 aa  104  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00646067 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06202  hypothetical protein  41.1 
 
 		 163 aa  104  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  23.05 
 
 		 681 aa  103  6e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03620  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.66 
 
 		 640 aa  103  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.88 
 
 		 829 aa  103  8e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  22.94 
 
 		 783 aa  103  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  25.57 
 
 		 687 aa  102  1e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  25.55 
 
 		 721 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4142  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.33 
 
 		 673 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4225  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.33 
 
 		 673 aa  102  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3994  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.33 
 
 		 673 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0199  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.23 
 
 		 674 aa  102  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4199  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.49 
 
 		 673 aa  101  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  27.14 
 
 		 1075 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0070  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.11 
 
 		 671 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5211  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.06 
 
 		 673 aa  101  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  26.41 
 
 		 726 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03656  DNA helicase and single-stranded DNA-dependent ATPase  24.33 
 
 		 673 aa  101  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0354982  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03605  hypothetical protein  24.33 
 
 		 673 aa  101  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0230376  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 1089 aa  101  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4288  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.33 
 
 		 673 aa  101  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4143  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.06 
 
 		 673 aa  101  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.44 
 
 		 773 aa  100  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 671 aa  100  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.74 
 
 		 762 aa  100  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 671 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  22.26 
 
 		 666 aa  99.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  23.58 
 
 		 669 aa  98.6  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.6 
 
 		 667 aa  98.2  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4207  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.93 
 
 		 673 aa  97.8  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  25.49 
 
 		 707 aa  97.4  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  24.43 
 
 		 630 aa  97.4  6e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.22 
 
 		 673 aa  97.1  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.84 
 
 		 694 aa  97.1  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.09 
 
 		 794 aa  96.7  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.35 
 
 		 675 aa  96.7  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25 
 
 		 739 aa  96.3  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  23.63 
 
 		 573 aa  96.3  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  23.63 
 
 		 573 aa  96.3  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4193  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.86 
 
 		 674 aa  96.3  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.23 
 
 		 763 aa  96.3  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4012  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.88 
 
 		 670 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  23.99 
 
 		 682 aa  95.5  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4106  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.88 
 
 		 685 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3913  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.88 
 
 		 670 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 		 653 aa  95.1  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  23.84 
 
 		 723 aa  95.1  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4301  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.55 
 
 		 674 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4124  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.27 
 
 		 707 aa  94.7  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  29.83 
 
 		 1156 aa  94.4  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4139  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.55 
 
 		 674 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4242  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.55 
 
 		 674 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.907548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  25.73 
 
 		 728 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26 
 
 		 795 aa  94.4  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  26.65 
 
 		 826 aa  94.4  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  23.58 
 
 		 727 aa  94  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  24.93 
 
 		 814 aa  94  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>