More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3174 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  59.53 
 
 		 553 aa  653    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  64.5 
 
 		 556 aa  713    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 557 aa  1142    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  64.32 
 
 		 556 aa  710    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  58.89 
 
 		 554 aa  636    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3681  helicase, putative  53.48 
 
 		 552 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  32.28 
 
 		 615 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0047  UvrD/REP helicase family protein  32.79 
 
 		 634 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3526  hypothetical protein  32.02 
 
 		 617 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.396406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0195  UvrD/REP helicase family protein  31.74 
 
 		 614 aa  245  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2953  UvrD/REP helicase  28.79 
 
 		 615 aa  206  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1603  UvrD/REP helicase  28.8 
 
 		 641 aa  197  5.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0507  UvrD/REP helicase family protein  30.2 
 
 		 421 aa  157  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  24.75 
 
 		 706 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  23.25 
 
 		 720 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  23.99 
 
 		 723 aa  105  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  22.42 
 
 		 720 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06202  hypothetical protein  40.27 
 
 		 163 aa  103  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  22.42 
 
 		 720 aa  103  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 1062 aa  103  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  24.68 
 
 		 724 aa  103  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  24.69 
 
 		 1050 aa  103  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 		 653 aa  102  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1675  UvrD/REP helicase family protein  54.08 
 
 		 212 aa  102  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0387557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  24.36 
 
 		 1075 aa  102  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.83 
 
 		 666 aa  102  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  25.95 
 
 		 687 aa  102  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.71 
 
 		 658 aa  101  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  25.33 
 
 		 706 aa  100  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  23.16 
 
 		 727 aa  100  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  24.19 
 
 		 720 aa  100  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  24.03 
 
 		 630 aa  100  9e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  23.73 
 
 		 722 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  24.72 
 
 		 723 aa  99.4  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  23.73 
 
 		 722 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  24.8 
 
 		 726 aa  99  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  24.05 
 
 		 722 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  24.25 
 
 		 721 aa  99.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  23.89 
 
 		 722 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  23.89 
 
 		 722 aa  98.2  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  23.75 
 
 		 722 aa  98.6  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  23.89 
 
 		 722 aa  98.2  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  22.91 
 
 		 677 aa  98.2  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  23.59 
 
 		 722 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.26 
 
 		 677 aa  97.4  5e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  25.26 
 
 		 677 aa  97.4  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 571 aa  97.4  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1455  UvrD/REP helicase  23.68 
 
 		 715 aa  97.1  7e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  25.62 
 
 		 679 aa  97.4  7e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4154  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 545 aa  97.1  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 573 aa  97.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 573 aa  97.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  25.04 
 
 		 1078 aa  95.5  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  24.88 
 
 		 669 aa  95.9  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  24.58 
 
 		 726 aa  95.9  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  27.43 
 
 		 657 aa  95.9  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.98 
 
 		 756 aa  95.9  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  22.58 
 
 		 722 aa  95.1  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.26 
 
 		 751 aa  95.1  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.09 
 
 		 751 aa  95.1  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.11 
 
 		 729 aa  94.7  4e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  24.92 
 
 		 1082 aa  94.4  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.99 
 
 		 685 aa  94  7e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0075  ATP-dependent DNA helicase RepA  23.24 
 
 		 669 aa  93.6  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.688079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  23.68 
 
 		 712 aa  93.6  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  23.1 
 
 		 678 aa  93.6  9e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  22.64 
 
 		 714 aa  93.6  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  23.56 
 
 		 620 aa  92.8  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  22.99 
 
 		 720 aa  92.8  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  25.45 
 
 		 726 aa  92  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  22.9 
 
 		 754 aa  92.8  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  22.75 
 
 		 742 aa  92  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  22.99 
 
 		 720 aa  92.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.87 
 
 		 737 aa  92.4  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  22.99 
 
 		 720 aa  92.8  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3473  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.85 
 
 		 669 aa  91.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.406551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.2 
 
 		 731 aa  91.7  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.92 
 
 		 669 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  21.22 
 
 		 731 aa  91.3  4e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.77 
 
 		 759 aa  91.3  5e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0474  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.8 
 
 		 1469 aa  90.9  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.872336  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.04 
 
 		 726 aa  90.5  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  22.82 
 
 		 770 aa  90.5  7e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0253  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.54 
 
 		 669 aa  90.5  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  24.18 
 
 		 717 aa  90.1  8e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  23.79 
 
 		 760 aa  90.1  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  23.35 
 
 		 634 aa  89.4  1e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  25.96 
 
 		 728 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  24.41 
 
 		 678 aa  89.7  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.17 
 
 		 659 aa  89.7  1e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.23 
 
 		 755 aa  89.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  21.72 
 
 		 638 aa  89  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.68 
 
 		 757 aa  89.4  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>