More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3853 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



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Plasmid unclonability p-value

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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3967  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
213 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0630357 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3853  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
213 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.26442  normal  0.765649 
 
 
-
 
NC_003296  RS03014  putative transcription regulator protein  79.5 
 
 
216 aa  291  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  61.75 
 
 
206 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  61.17 
 
 
215 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3587  TetR family transcriptional regulator  60.11 
 
 
206 aa  216  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2606  TetR family transcriptional regulator  60.11 
 
 
206 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.613239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0499  TetR family transcriptional regulator  60.11 
 
 
206 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0472  TetR family transcriptional regulator  60.11 
 
 
206 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0430  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 
207 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.469108 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0425  TetR family transcriptional regulator  60.75 
 
 
216 aa  214  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  58.76 
 
 
222 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0404  TetR family transcriptional regulator  61.93 
 
 
207 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3628  TetR family transcriptional regulator  63.3 
 
 
214 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  63.69 
 
 
211 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3603  TetR family transcriptional regulator  62.77 
 
 
214 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3614  TetR family transcriptional regulator  62.23 
 
 
218 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2807  TetR family transcriptional regulator  62.23 
 
 
214 aa  207  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1735  TetR family transcriptional regulator  62.23 
 
 
214 aa  207  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0031  TetR family transcriptional regulator  62.23 
 
 
214 aa  207  7e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3169  TetR family transcriptional regulator  62.23 
 
 
214 aa  207  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  50.62 
 
 
203 aa  159  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0306  transcriptional regulator, TetR family  47.73 
 
 
186 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2299  TetR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
201 aa  148  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.633617  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  40.64 
 
 
197 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  40.76 
 
 
197 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1089  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
212 aa  128  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
207 aa  121  8e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3569  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
217 aa  115  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.773564  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4828  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 
207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1039  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 
206 aa  106  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  38.92 
 
 
189 aa  106  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
200 aa  105  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
187 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1449  transcriptional regulator, TetR family  39.79 
 
 
203 aa  105  6e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0126985  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  39.35 
 
 
183 aa  101  8e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
190 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
202 aa  99.4  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
202 aa  98.6  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  37.58 
 
 
191 aa  96.3  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
201 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
201 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
201 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
257 aa  95.5  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
194 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
201 aa  94.7  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
189 aa  94.4  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 
204 aa  94.4  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
209 aa  94.4  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
188 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  36.88 
 
 
197 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5286  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
196 aa  94  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
204 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
204 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  36.11 
 
 
191 aa  92.8  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 
188 aa  92.4  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  35.95 
 
 
194 aa  92  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
208 aa  91.7  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  38.59 
 
 
201 aa  91.7  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
179 aa  91.7  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 
190 aa  90.9  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
197 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 
234 aa  90.9  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6699  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 
207 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.678516  normal  0.427356 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
188 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 
186 aa  90.1  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
205 aa  90.1  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
200 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 
201 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
228 aa  90.1  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
187 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
184 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 
176 aa  89  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 
189 aa  89.4  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
192 aa  89.4  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 
206 aa  88.6  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
201 aa  88.6  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
221 aa  88.6  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
194 aa  88.2  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 
189 aa  88.2  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 
221 aa  87.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 
188 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 
188 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
194 aa  87.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
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NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
210 aa  87  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
192 aa  87  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0481105 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
202 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  35.79 
 
 
201 aa  86.3  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
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NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  36.88 
 
 
197 aa  86.3  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.919137 
 
 
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NC_011366  Rleg2_5796  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 
207 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0048122 
 
 
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NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 
187 aa  85.5  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 
185 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  33.75 
 
 
185 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
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