165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3401 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3401  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 		 222 aa  442  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.211755  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2364  lysine exporter protein LysE/YggA  62.25 
 
 		 222 aa  227  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.07679  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0661  lysine exporter protein LysE/YggA  51.47 
 
 		 204 aa  160  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240429  hitchhiker  0.00312579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0517  chemotactic transduction protein ChpE  46.49 
 
 		 203 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.581083  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05430  putative chemotaxis protein  45.95 
 
 		 203 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4052  lysine exporter protein LysE/YggA  31.69 
 
 		 240 aa  72  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0821  lysine exporter protein LysE/YggA  30.43 
 
 		 225 aa  72  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0472  lysine exporter protein LysE/YggA  32.07 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.954911  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0951  lysine exporter protein LysE/YggA  32.07 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0744424  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0810  lysine exporter protein LysE/YggA  30.43 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3076  LysE family translocator protein  31.35 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.331488  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2152  LysE family protein  30.43 
 
 		 224 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160483  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0757  LysE family translocator protein  30.43 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.305233  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2590  LysE family translocator protein  30.43 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.295599  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2023  LysE family translocator protein  30.43 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0867  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.51 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3023  LysE family translocator protein  30.81 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.917824  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2446  lysine exporter protein LysE/YggA  27.96 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3107  LysE family protein  30.81 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0913  lysine exporter protein LysE/YggA  31.21 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1525  LysE family protein  31.01 
 
 		 225 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0571037  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1716  lysine exporter protein LysE/YggA  28.41 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0651  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.51 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3421  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.08 
 
 		 223 aa  62  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.394572  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2875  hypothetical protein  25.58 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000177691  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3126  hypothetical protein  25.58 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2754  amino acid transporter LysE  26.38 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0279603  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2768  hypothetical protein  26.38 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0752223  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2832  amino acid transporter LysE  25.58 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3148  hypothetical protein  25.58 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0343  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.57 
 
 		 239 aa  58.5  0.00000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2905  hypothetical protein  25.58 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3124  hypothetical protein  25.58 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3488  lysine exporter protein LysE/YggA  30.39 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3066  hypothetical protein  26.25 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0359182  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3289  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.67 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1656  lysine exporter protein LysE/YggA  25.53 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.268665  normal  0.199053 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1050  lysine exporter protein LysE/YggA  29.19 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3823  hypothetical protein  23.94 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121747  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0903  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  26.32 
 
 		 226 aa  53.5  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4806  lysine exporter protein LysE/YggA  30.71 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.135415  normal  0.130992 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3852  lysine exporter protein LysE/YggA  24.61 
 
 		 214 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0613  lysine exporter protein LysE/YggA  31.58 
 
 		 226 aa  52.4  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0459  putative transport protein  28.79 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000321828 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0396  putative transport protein  28.79 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.979225  hitchhiker  0.00000000000454708 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0417  putative transport protein  28.79 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.322077  normal  0.0110609 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0399  putative transport protein  28.79 
 
 		 210 aa  51.6  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0405  putative transport protein  28.79 
 
 		 210 aa  51.6  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000145475 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0365  RhtB family transporter  26.22 
 
 		 205 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0721  amino acid efflux pump, RhtB family protein  30.56 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.914234  normal  0.346615 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1423  lysine exporter protein LysE/YggA  24.44 
 
 		 229 aa  50.8  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.598151  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1555  putative LysE family amino-acid efflux protein  29.2 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2572  hypothetical protein  29.17 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.41 
 
 		 205 aa  50.1  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4333  lysine exporter protein LysE/YggA  24.73 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.364996  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1225  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.12 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4540  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.33 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529468  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2939  lysine exporter protein LysE/YggA  29.3 
 
 		 214 aa  49.3  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2468  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.33 
 
 		 226 aa  48.9  0.00006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4341  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  24.09 
 
 		 205 aa  48.9  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.791137 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0593  lysine exporter protein LysE/YggA  28.69 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3282  lysine exporter protein LysE/YggA  34.19 
 
 		 210 aa  48.5  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.541526 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7458  hypothetical protein  25 
 
 		 203 aa  48.5  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3244  LysE type translocator  24.59 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.549146  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  26.45 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0391  hypothetical protein  25.13 
 
 		 204 aa  48.1  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  27.17 
 
 		 213 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3363  lysine exporter protein LysE/YggA  32 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0656798  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3713  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  26.63 
 
 		 213 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0233  RhtB family transporter  26.29 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3051  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.02 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1150  amino acid transporter LysE  25.15 
 
 		 204 aa  47  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0186  amino acid transporter LysE  27.98 
 
 		 205 aa  47  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0820  lysine exporter protein LysE/YggA  28.64 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000331206  hitchhiker  0.00549448 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0399  putative homoserine/threonine efflux protein  25.54 
 
 		 223 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0359  putative homoserine/threonine efflux protein  25.54 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.672304  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00283  neutral amino-acid efflux system  26.06 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3278  homoserine/threonine efflux pump  26.06 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2895  lysine exporter protein LysE/YggA  32.48 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5140  lysine exporter protein LysE/YggA  32 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00287  hypothetical protein  26.06 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0352  putative homoserine/threonine efflux protein  26.06 
 
 		 215 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  25.24 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3296  homoserine/threonine efflux pump  26.06 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3107  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.34 
 
 		 225 aa  45.8  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.552982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1477  lysine exporter protein LysE/YggA  26.9 
 
 		 223 aa  45.8  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0681758  normal  0.107055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0394  putative homoserine/threonine efflux protein  26.06 
 
 		 222 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0858  lysine exporter protein LysE/YggA  30.64 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.74992  normal  0.0747821 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1147  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.66 
 
 		 208 aa  45.8  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2276  amino acid transporter  24.54 
 
 		 220 aa  45.4  0.0007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4807  lysine exporter protein LysE/YggA  30.89 
 
 		 210 aa  45.4  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0152252  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2239  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  25.93 
 
 		 204 aa  45.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.678713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3360  lysine exporter protein LysE/YggA  30.89 
 
 		 210 aa  45.4  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.742854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2137  lysine exporter protein LysE/YggA  29.44 
 
 		 202 aa  45.4  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4433  leucine export protein LeuE  28.95 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0518339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.69 
 
 		 204 aa  45.1  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2183  lysine exporter protein LysE/YggA  25.15 
 
 		 200 aa  45.1  0.0009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000550  putative threonine efflux protein  24.64 
 
 		 204 aa  45.1  0.0009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1358  LysE family protein  31.03 
 
 		 203 aa  44.3  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0342  LysE family protein  31.03 
 
 		 203 aa  44.3  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>