More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0178 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0178  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 158 aa  319  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3531  transcriptional regulator, MarR family  47.54 
 
 		 132 aa  116  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.179982  normal  0.511756 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1129  transcriptional regulator, MarR family  39.86 
 
 		 144 aa  107  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.014042  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2045  MarR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 140 aa  97.4  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1821  transcriptional regulator, MarR family  38.89 
 
 		 152 aa  70.9  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4525  transcriptional regulator, MarR family  36.04 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8410  putative transcriptional regulator protein, MarR family  41 
 
 		 163 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.410665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2887  putative transcriptional regulator, AsnC family  29.93 
 
 		 159 aa  66.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25625  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2932  transcriptional regulator, MarR family  41.3 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.264112 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0030  MarR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3506  transcriptional regulator, MarR family  33.04 
 
 		 164 aa  64.7  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719145  normal  0.764643 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0121  MarR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 169 aa  64.3  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.273573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0194  hypothetical protein  40.57 
 
 		 161 aa  61.6  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0889  MarR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.432936  normal  0.269103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6405  Transcriptional regulators-like protein  38.54 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.293573  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0144  transcriptional regulator, MarR family  37.62 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1279  MarR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7225  transcriptional regulator, MarR family  36.54 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4179  transcriptional regulator, MarR family  37.04 
 
 		 166 aa  58.2  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.483943  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1845  transcriptional regulator, MarR family  36.97 
 
 		 157 aa  58.2  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.146036  normal  0.153387 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5981  transcriptional regulator, MarR family  37.78 
 
 		 164 aa  57.4  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309203  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1264  transcriptional regulator, MarR family  33.58 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6509  transcriptional regulator, MarR family  33.67 
 
 		 160 aa  57.4  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.248842 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2484  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.199809 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1525  transcriptional regulator, MarR family  45.35 
 
 		 156 aa  57  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2084  transcriptional regulator, MarR family  31.71 
 
 		 147 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4987  MarR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.411261  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0455  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0878  transcriptional regulator, MarR family  34.95 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5075  MarR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.771744 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0442  transcriptional regulator, MarR family  39.39 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.798743  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5368  MarR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0136  transcriptional regulator, MarR family  36.63 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5614  MarR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 172 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.695178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3827  MarR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 172 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.360185  normal  0.0550359 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0362  MarR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1494  MarR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00612694  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1750  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1491  transcriptional regulator, MarR family  25.55 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1450  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3088  transcriptional regulator, MarR family  35.63 
 
 		 180 aa  53.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2070  transcriptional regulator, MarR family  34.62 
 
 		 163 aa  53.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1190  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 172 aa  53.5  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8160  transcriptional regulator, MarR family  33.07 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.469151 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1253  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1226  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.194022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1228  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3028  regulatory protein, MarR  33.68 
 
 		 172 aa  53.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2651  transcriptional regulator, MarR family  32.67 
 
 		 160 aa  52.4  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1502  MarR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.33868  normal  0.755413 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1352  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4108  MarR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 137 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0800  transcriptional regulator, MarR family  32.28 
 
 		 167 aa  52.4  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.929664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1425  transcriptional regulator, MarR family  25.55 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000689424 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0707  regulatory protein MarR  30.56 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4259  transcriptional regulator, MarR family  37.37 
 
 		 137 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1283  MarR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.16464  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4236  transcriptional regulator, MarR family  37.37 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3797  transcriptional regulator, MarR family  32.26 
 
 		 159 aa  52.8  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.803773  hitchhiker  0.000221567 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1224  transcriptional regulator, MarR family  28.47 
 
 		 151 aa  52.4  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000414695  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2731  MarR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5532  transcriptional regulator, MarR family  38.67 
 
 		 175 aa  52.4  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.008053  hitchhiker  0.0000039263 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1388  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 148 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3956  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 148 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.410327 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2736  transcriptional regulator, MarR family  32.46 
 
 		 194 aa  52.4  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00897235  normal  0.0940124 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2894  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 		 155 aa  51.6  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.943372  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3891  hypothetical protein  26.5 
 
 		 150 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0766  transcriptional regulator, TrmB  34.09 
 
 		 140 aa  51.6  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.151681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1251  MarR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 148 aa  52  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1721  transcriptional regulator, MarR family  32.26 
 
 		 160 aa  52  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.410028  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5112  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 155 aa  51.6  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522104  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0891  transcriptional regulator, MarR family  32.26 
 
 		 156 aa  51.6  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2905  MarR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 146 aa  51.6  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.607898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1370  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 164 aa  51.2  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.546813  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1060  MarR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00430  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 160 aa  50.8  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.788816  normal  0.0203884 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3739  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 163 aa  50.8  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.394554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1577  MarR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 176 aa  51.2  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0171714 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5000  transcriptional regulator, MarR family  32.71 
 
 		 168 aa  50.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1870  regulatory protein, MarR  32.76 
 
 		 158 aa  50.8  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0850554  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1789  transcriptional regulator, MarR family  32.99 
 
 		 163 aa  50.4  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0465  transcriptional regulator, MarR family  34.69 
 
 		 201 aa  50.4  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.203979  normal  0.101553 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0241  transcriptional regulator, MarR family  32.17 
 
 		 165 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932018  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1844  MarR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 141 aa  50.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3013  putative MarR-family regulatory protein  33.03 
 
 		 154 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  31 
 
 		 147 aa  49.7  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0606  MarR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0747738  normal  0.0914644 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2457  transcriptional regulator, MarR family  36.54 
 
 		 159 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00103329  normal  0.114009 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1101  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 155 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.54322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1782  MarR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 159 aa  50.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4489  MarR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.364343 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3109  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 154 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5619  transcriptional regulator, MarR family  29.17 
 
 		 134 aa  49.7  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.966893  hitchhiker  0.00498521 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1835  transcriptional regulator, TrmB  31.58 
 
 		 146 aa  48.9  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1797  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 187 aa  48.9  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.109893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3930  transcriptional regulator, MarR family  33.65 
 
 		 177 aa  49.3  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.018359  hitchhiker  0.00457936 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5540  MarR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4036  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 134 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0111  MarR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 142 aa  49.3  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.238503  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4510  MarR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.88228  normal  0.825822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>