129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2905 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2905  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 146 aa  293  4e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.607898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3505  transcriptional regulator  72.46 
 
 		 150 aa  211  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.54422 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0297  MarR family transcriptional regulator  69.34 
 
 		 147 aa  203  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1191  MarR family transcriptional regulator  72.26 
 
 		 147 aa  192  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2853  MarR family transcriptional regulator  72.26 
 
 		 147 aa  192  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2630  MarR family transcriptional regulator  72.26 
 
 		 147 aa  192  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2588  MarR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 169 aa  165  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2156  MarR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4941  transcriptional regulator, MarR family  35.04 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497711  normal  0.847293 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1949  transcriptional regulator, MarR family  34.69 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3159  MarR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 164 aa  60.5  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0991  transcriptional regulator, MarR family  39.09 
 
 		 166 aa  58.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4830  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 157 aa  57  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.538912  normal  0.641937 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3993  transcriptional regulator, MarR family  34.96 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.73498 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7677  hypothetical protein  30.47 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00437604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4243  putative transcriptional regulator, MarR family  38.71 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0515432 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0411  regulatory protein, MarR  39.39 
 
 		 164 aa  54.3  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.780525  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1608  MarR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 151 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0698671 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1154  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 164 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.246648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2120  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 164 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1595  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 164 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000929046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0255  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 164 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1958  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 164 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1975  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 164 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0792948  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0906  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 164 aa  52.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.670814  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3853  regulatory protein, MarR  36.11 
 
 		 162 aa  52  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.295322  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0178  MarR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 158 aa  51.6  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1499  MarR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 166 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364247  normal  0.593095 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2454  transcriptional regulator, MarR family  34.86 
 
 		 168 aa  51.2  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1200  MarR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 176 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1680  MarR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 176 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.32582  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1653  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 177 aa  50.4  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.745484 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0118  transcriptional regulator, MarR family  33.9 
 
 		 194 aa  50.1  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0320638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2391  MarR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 164 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.631724  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0868  transcriptional regulator, MarR family  35.64 
 
 		 172 aa  50.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.910942  normal  0.3446 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0362  transcriptional regulator, MarR family  30.36 
 
 		 177 aa  49.7  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2325  transcription regulator protein  33.02 
 
 		 165 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.23825 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3891  hypothetical protein  27.35 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4833  MarR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 171 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0190752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8615  putative transcriptional regulator, MarR family  37.7 
 
 		 180 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0282  MarR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 157 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.486948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3566  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 164 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1049  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 		 188 aa  47.8  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.894652 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3587  transcriptional regulator, MarR family  42.42 
 
 		 161 aa  47.8  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.84675  normal  0.423141 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2978  MarR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 170 aa  47.4  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal  0.158224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4520  MarR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 168 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.664155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4285  transcriptional regulator, MarR family  40.54 
 
 		 166 aa  47  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0118  transcriptional regulator, MarR family  37.97 
 
 		 164 aa  46.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466512  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03440  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 		 169 aa  46.2  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.495444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5248  transcriptional regulator, MarR family  31.3 
 
 		 172 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0549534  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0980  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1559  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0270  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 165 aa  45.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2713  transcriptional regulator, MarR family  33.05 
 
 		 196 aa  45.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1952  transcriptional regulator, MarR family  29.03 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  33.62 
 
 		 166 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15420  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 158 aa  45.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  32.71 
 
 		 165 aa  45.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2003  MarR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2559  transcriptional regulator, MarR family  35.05 
 
 		 179 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 143 aa  44.7  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1028  transcriptional regulator, MarR family  31.19 
 
 		 178 aa  44.7  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4209  transcriptional regulator, MarR family  38.03 
 
 		 187 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3545  MarR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 161 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359326  normal  0.253547 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0914  transcriptional regulator, MarR family  28.44 
 
 		 156 aa  44.3  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3511  transcriptional regulator, MarR family  32.61 
 
 		 161 aa  44.7  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.982804  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2581  MarR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 167 aa  44.3  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.562153 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1650  MarR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 162 aa  44.3  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  27.72 
 
 		 167 aa  43.9  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3105  MarR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 180 aa  43.9  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2280  hypothetical protein  32.06 
 
 		 162 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0154888  normal  0.295989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0278  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 		 175 aa  43.9  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4184  transcriptional regulator, MarR family  36.62 
 
 		 174 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0378  transcriptional regulator, MarR family  43.64 
 
 		 154 aa  43.5  0.0009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.190004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4001  MarR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30230  transcriptional regulator, MarR family  35.87 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.178176 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2254  transcriptional regulator, MarR family  35.05 
 
 		 175 aa  43.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0799585  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2765  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 171 aa  42.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2393  regulatory protein, MarR  29.46 
 
 		 173 aa  42.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 170 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3109  MarR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2149  MarR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2859  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 197 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2195  MarR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0273493 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3838  MarR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2136  MarR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00095835 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4242  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 172 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.594533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1346  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 155 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1523  MarR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 176 aa  42  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.7127  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1500  transcriptional regulator, MarR family  27.71 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2113  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 162 aa  42.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.553961 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  29.73 
 
 		 170 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2307  transcriptional regulator, MarR family  32.98 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.581889 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2637  MarR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 152 aa  42  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00137788  normal  0.21976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2691  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 178 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2759  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 178 aa  41.6  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1580  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 177 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0153854  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 143 aa  42  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0637  transcriptional regulator, MarR family  29.63 
 
 		 170 aa  42  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>