More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_00430 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_00430  transcriptional regulator  100 
 
 
160 aa  321  2e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.788816  normal  0.0203884 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2250  transcriptional regulator, MarR family  64.05 
 
 
166 aa  184  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.4153  hitchhiker  0.000614739 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2051  regulatory protein, MarR  60.78 
 
 
164 aa  174  4e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0913  transcriptional regulator, MarR family  52.6 
 
 
166 aa  154  6e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2001  MarR family transcriptional regulator  55.86 
 
 
197 aa  152  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.803243  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3739  MarR family transcriptional regulator  54.42 
 
 
163 aa  151  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.394554  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2004  transcriptional regulator, MarR family  55.48 
 
 
167 aa  150  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.781258  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2612  transcriptional regulator, MarR family  53.06 
 
 
160 aa  148  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.703045  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3927  MarR family transcriptional regulator  48.43 
 
 
159 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3506  transcriptional regulator, MarR family  51.33 
 
 
164 aa  137  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719145  normal  0.764643 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37380  transcriptional regulator  50.34 
 
 
170 aa  137  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00623075  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0878  transcriptional regulator, MarR family  48.67 
 
 
163 aa  136  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11940  transcriptional regulator  48.99 
 
 
180 aa  135  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.11697  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2515  transcriptional regulator, MarR family  50.71 
 
 
174 aa  134  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.101702  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3728  transcriptional regulator, MarR family  49.02 
 
 
161 aa  133  8e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3088  transcriptional regulator, MarR family  51.43 
 
 
180 aa  132  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2651  transcriptional regulator, MarR family  48.34 
 
 
160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4472  transcriptional regulator, MarR family  47.14 
 
 
169 aa  121  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4521  transcriptional regulator, MarR family  47.02 
 
 
168 aa  120  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.586823 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14940  transcriptional regulator, MarR family  43.4 
 
 
182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12510  transcriptional regulator  46.9 
 
 
161 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3256  transcriptional regulator, MarR family  45.32 
 
 
168 aa  117  7.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0935978  normal  0.196608 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0350  transcriptional regulator, MarR family  44.52 
 
 
149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2376  transcriptional regulator, MarR family  44.14 
 
 
170 aa  114  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000000679791  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0686  transcriptional regulator, MarR family  47.59 
 
 
160 aa  114  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4301  transcriptional regulator, MarR family  44.08 
 
 
160 aa  111  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.554811 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1264  transcriptional regulator, MarR family  41.61 
 
 
159 aa  110  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1821  transcriptional regulator, MarR family  43.24 
 
 
152 aa  107  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0144  transcriptional regulator, MarR family  41.67 
 
 
155 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2272  transcriptional regulator, MarR family  43.42 
 
 
166 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4179  transcriptional regulator, MarR family  44.14 
 
 
166 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.483943  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1502  MarR family transcriptional regulator  43.57 
 
 
163 aa  104  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.33868  normal  0.755413 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0751  transcriptional regulator, MarR family  35.57 
 
 
164 aa  101  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07180  transcriptional regulator, MarR family  41.48 
 
 
159 aa  99.8  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.733565  normal  0.223019 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6405  Transcriptional regulators-like protein  39.01 
 
 
175 aa  98.6  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.293573  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1870  regulatory protein, MarR  36.05 
 
 
158 aa  98.6  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0850554  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3013  putative MarR-family regulatory protein  43.61 
 
 
154 aa  97.4  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102255  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3960  transcriptional regulator, MarR family  40.97 
 
 
168 aa  97.4  8e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2457  transcriptional regulator, MarR family  39.6 
 
 
159 aa  95.9  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00103329  normal  0.114009 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0927  transcriptional regulator, MarR family  39.74 
 
 
171 aa  96.3  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.240872  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1741  putative MarR-family regulatory protein  37.91 
 
 
158 aa  96.3  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.91426 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2941  transcriptional regulator, MarR family  41.89 
 
 
186 aa  95.9  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.760695  normal  0.485895 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0531  MarR family transcriptional regulator  46.21 
 
 
213 aa  95.1  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.180365  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3981  transcriptional regulator, MarR family  42.75 
 
 
200 aa  94.4  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2894  transcriptional regulator, MarR family  42.47 
 
 
155 aa  94.4  7e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.943372  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0136  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 
153 aa  94  9e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0873  transcriptional regulator, MarR family  39.72 
 
 
157 aa  93.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.90206  normal  0.127598 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2736  transcriptional regulator, MarR family  39.04 
 
 
194 aa  93.2  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00897235  normal  0.0940124 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0442  transcriptional regulator, MarR family  38.85 
 
 
172 aa  92.8  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.798743  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1263  transcriptional regulator, MarR family  40.28 
 
 
169 aa  90.5  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.668889  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1087  MarR family transcriptional regulator  43.26 
 
 
166 aa  90.1  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.502735  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2322  transcriptional regulator, MarR family  40.74 
 
 
193 aa  89.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000287638  decreased coverage  0.000001019 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24280  transcriptional regulator  39.86 
 
 
197 aa  89  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0635766  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1370  regulatory protein, MarR  38.85 
 
 
164 aa  88.6  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.546813  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1101  transcriptional regulator, MarR family  34.01 
 
 
155 aa  88.2  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.54322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1981  MarR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
184 aa  85.5  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.74595 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24880  transcriptional regulator  38.26 
 
 
171 aa  86.3  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3797  transcriptional regulator, MarR family  36.73 
 
 
159 aa  86.3  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.803773  hitchhiker  0.000221567 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1577  MarR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
176 aa  85.1  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0171714 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3552  transcriptional regulator, MarR family  35.86 
 
 
151 aa  85.1  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0984354 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1308  transcriptional regulator, MarR family  35.37 
 
 
159 aa  85.1  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3374  MarR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
159 aa  82.8  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.307875  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0121  MarR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
169 aa  81.6  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.273573  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6509  transcriptional regulator, MarR family  35.82 
 
 
160 aa  81.3  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.248842 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8410  putative transcriptional regulator protein, MarR family  34.01 
 
 
163 aa  81.3  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.410665  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4525  transcriptional regulator, MarR family  36.43 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5000  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
168 aa  76.3  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5981  transcriptional regulator, MarR family  42.11 
 
 
164 aa  75.9  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309203  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0889  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
157 aa  75.5  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.432936  normal  0.269103 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0519  transcriptional regulator, MarR family  32.43 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000000993982  hitchhiker  0.00277743 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2496  MarR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.20382 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2351  regulatory protein, MarR  32.41 
 
 
166 aa  73.9  0.0000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.375584  normal  0.032917 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0030  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 
233 aa  73.2  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4638  transcriptional regulator, MarR family  34.81 
 
 
165 aa  70.9  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.747494  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1054  MarR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
159 aa  69.7  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.796516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1070  MarR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
159 aa  69.7  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.111795 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0194  hypothetical protein  37.17 
 
 
161 aa  70.1  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2932  transcriptional regulator, MarR family  33.09 
 
 
183 aa  67.8  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.264112 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01640  transcriptional regulator  30.34 
 
 
151 aa  67.8  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.98097  normal  0.211927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0800  transcriptional regulator, MarR family  33.09 
 
 
167 aa  67  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.929664  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3827  MarR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.360185  normal  0.0550359 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3930  transcriptional regulator, MarR family  30.94 
 
 
177 aa  66.2  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.018359  hitchhiker  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0520  MarR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
150 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.606066  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0820  putative MarR-family regulatory protein  31.91 
 
 
170 aa  65.1  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1525  transcriptional regulator, MarR family  35.96 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0148  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0136  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0145  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.753357  normal  0.732723 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0126  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1155  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
163 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1172  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
163 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.247959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1182  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
163 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.937624  normal  0.0261601 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00960  transcriptional regulator  37.23 
 
 
148 aa  62.4  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1717  regulatory protein MarR  36.89 
 
 
142 aa  61.2  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1845  transcriptional regulator, MarR family  33.09 
 
 
157 aa  61.2  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.146036  normal  0.153387 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0766  transcriptional regulator, TrmB  36.36 
 
 
140 aa  60.8  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.151681  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1789  transcriptional regulator, MarR family  38.39 
 
 
163 aa  60.1  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2257  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
161 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2410  transcriptional regulator, MarR family  38.83 
 
 
163 aa  59.3  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0478881  normal  0.0157959 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2484  MarR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
168 aa  59.3  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.199809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>