More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0777 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7086  ABC tranpsorter, permease protein / ATP-binding protein  58.95 
 
 
589 aa  659    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.900499  normal  0.610004 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2942  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  59.09 
 
 
594 aa  663    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  56.71 
 
 
950 aa  644    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0192  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  59.27 
 
 
594 aa  666    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0833757  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  59.27 
 
 
594 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  59.86 
 
 
594 aa  671    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3322  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  59.27 
 
 
594 aa  663    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3572  branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  58.45 
 
 
589 aa  644    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.317873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4632  ABC transporter ATPase component  93.22 
 
 
590 aa  1028    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3001  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  59.09 
 
 
594 aa  663    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1601  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  59.09 
 
 
594 aa  663    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  59.34 
 
 
594 aa  674    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3041  ABC transporter related  59.9 
 
 
594 aa  676    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0777  ABC transporter related  100 
 
 
590 aa  1149    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1891  ABC transporter related  59.19 
 
 
589 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.553447  normal  0.571968 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0108  ABC transporter related  60.55 
 
 
594 aa  675    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2964  ABC transporter related  60.38 
 
 
594 aa  674    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  60.21 
 
 
594 aa  672    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  60.38 
 
 
594 aa  675    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  60.38 
 
 
594 aa  674    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3369  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  59.09 
 
 
594 aa  663    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  60.38 
 
 
594 aa  675    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3907  ABC transporter related  59.69 
 
 
594 aa  674    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4058  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  59.27 
 
 
594 aa  666    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1994  ABC transporter related  57.74 
 
 
590 aa  647    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4525  ABC transporter related  60.46 
 
 
608 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0349155  normal  0.794169 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4657  ABC transporter related  60.46 
 
 
608 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.161308 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3511  ABC transporter-related protein  58.01 
 
 
617 aa  628  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0950055 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3235  inner-membrane translocator:ABC transporter related  56.52 
 
 
597 aa  619  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0695796  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0267  ABC transporter related  53.41 
 
 
598 aa  616  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.59454  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0989  ABC transporter-related protein  54.5 
 
 
593 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3362  inner-membrane translocator:ABC transporter related  59.93 
 
 
613 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270874  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1519  ABC transporter related  55.5 
 
 
597 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  52.85 
 
 
951 aa  596  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01743  amino-acid composite ATP-binding transmembrane ABC transporter protein  58.57 
 
 
608 aa  592  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.421944  normal  0.933638 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2941  ABC transporter related  53.42 
 
 
604 aa  593  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147552  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0802  ABC transporter related  54.71 
 
 
588 aa  571  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5329  ABC transporter related  59.36 
 
 
586 aa  570  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.722377  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2425  ABC transporter-related protein  56.35 
 
 
608 aa  570  1e-161  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.630273  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0574  ABC transporter related  52.6 
 
 
630 aa  557  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.305546  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1820  ABC transporter related  49.48 
 
 
599 aa  552  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0694  inner-membrane translocator, ABC transporter related  50.09 
 
 
583 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1506  ABC transporter related  52.82 
 
 
595 aa  539  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.55626  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  50.36 
 
 
589 aa  530  1e-149  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3248  branched chain amino acid ABC tranpsorter permease/ATP-binding protein  49.83 
 
 
589 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.425684 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1228  ABC transporter related  51.8 
 
 
631 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1326  ABC transporter-like protein  50.71 
 
 
590 aa  513  1e-144  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587882  normal  0.051365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  50.88 
 
 
954 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3953  ABC transporter related  52.47 
 
 
625 aa  501  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594442  normal  0.489079 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2874  ABC transporter related  50.52 
 
 
604 aa  500  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.20768  normal  0.827774 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0997  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  44.78 
 
 
596 aa  484  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  36.7 
 
 
614 aa  322  9.000000000000001e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.97 
 
 
663 aa  302  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  37.99 
 
 
608 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1864  ABC transporter related  35.93 
 
 
599 aa  290  7e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  35.21 
 
 
648 aa  289  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  36.79 
 
 
593 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  36.12 
 
 
593 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  34.1 
 
 
643 aa  281  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  36.07 
 
 
606 aa  280  8e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6585  inner-membrane translocator  37.31 
 
 
611 aa  274  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1697  ABC transporter related  33.62 
 
 
593 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777579  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0289  ABC transporter related  35.34 
 
 
612 aa  270  5e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92204  normal  0.8343 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  33.89 
 
 
643 aa  267  4e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  33.28 
 
 
616 aa  267  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3499  ABC transporter related  35.1 
 
 
616 aa  267  5e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44118  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  34.03 
 
 
582 aa  266  8e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6016  ABC transporter related  35.82 
 
 
611 aa  259  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.604136  decreased coverage  0.00266342 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0216  ABC transporter related  31.89 
 
 
565 aa  257  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167929  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1653  ABC transporter related protein  35.76 
 
 
610 aa  256  7e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0487091  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  33.39 
 
 
632 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5601  ABC transporter related protein  34.55 
 
 
563 aa  246  6e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2146  ABC transporter related  33.39 
 
 
606 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  35.87 
 
 
832 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  34.54 
 
 
830 aa  239  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4851  ABC transporter related  35.54 
 
 
823 aa  239  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356064  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5338  ABC transporter related  35.37 
 
 
823 aa  239  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.591038  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50.2 
 
 
256 aa  238  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  31.89 
 
 
603 aa  237  5.0000000000000005e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3102  ABC transporter related protein  50.4 
 
 
256 aa  234  3e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1796  ABC transporter related  33.87 
 
 
679 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210384 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0671  ABC transporter related  51.98 
 
 
252 aa  232  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1968  ABC transporter related  37.27 
 
 
827 aa  232  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140835  normal  0.0336357 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4488  ABC transporter related  33.06 
 
 
624 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2551  ABC transporter-related protein  49.01 
 
 
256 aa  229  8e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3094  ABC transporter related  33.12 
 
 
660 aa  229  9e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1945  ABC transporter related protein  47.39 
 
 
257 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  47.79 
 
 
257 aa  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1162  ABC transporter related  33.87 
 
 
678 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0982828  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2753  ABC transporter related  50.83 
 
 
255 aa  227  6e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  31.71 
 
 
625 aa  226  8e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2251  ABC transporter related  48.81 
 
 
255 aa  226  8e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0475  ABC transporter related  48.39 
 
 
256 aa  226  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0297  ABC transporter related  32.91 
 
 
682 aa  226  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0261  ATPase  48.19 
 
 
255 aa  223  8e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0642  ABC transporter related  48.22 
 
 
278 aa  223  8e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  32.5 
 
 
621 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3305  ABC transporter related  34.96 
 
 
822 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  33.1 
 
 
597 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0836  ABC transporter-related protein  47.58 
 
 
253 aa  219  8.999999999999998e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.547307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>