More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0114 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0114  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
383 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  31.63 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.63 
 
 
405 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
381 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
393 aa  132  6.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
381 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
379 aa  126  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
394 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
380 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.33 
 
 
380 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
384 aa  125  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
385 aa  122  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
404 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.11 
 
 
404 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
412 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
383 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
392 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
404 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
402 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
406 aa  117  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
399 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
402 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
379 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
394 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
392 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
379 aa  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
381 aa  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
396 aa  113  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
394 aa  113  7.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
379 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
374 aa  110  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
399 aa  110  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
419 aa  109  7.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
383 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
382 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
396 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
376 aa  106  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 
382 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  22.83 
 
 
379 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  25.33 
 
 
394 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.04 
 
 
399 aa  102  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
382 aa  101  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
383 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
379 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
386 aa  100  5e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
378 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  23.54 
 
 
405 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  27.89 
 
 
383 aa  97.1  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
398 aa  97.4  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 
379 aa  97.1  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
395 aa  95.5  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
385 aa  95.9  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
373 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.82 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
392 aa  94  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
381 aa  94  4e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
397 aa  93.6  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.89 
 
 
396 aa  92.4  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
415 aa  92  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
369 aa  91.3  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
378 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
386 aa  90.9  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.39 
 
 
399 aa  90.5  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
375 aa  90.5  5e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
401 aa  90.5  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
401 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.2 
 
 
395 aa  89.7  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
383 aa  89.7  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
393 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.26 
 
 
389 aa  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
396 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
387 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
377 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
387 aa  89  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
396 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
381 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
396 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
395 aa  87  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  22.31 
 
 
385 aa  87  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
376 aa  87  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
397 aa  86.3  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
382 aa  86.3  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
409 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.74 
 
 
397 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.56 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
388 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.86 
 
 
406 aa  83.6  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>