132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2359 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2359  cell wall hydrolase SleB  100 
 
 		 203 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2483  cell wall hydrolase SleB  85.22 
 
 		 203 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.539309  normal  0.112371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2212  cell wall hydrolase, SleB  91.13 
 
 		 203 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3562  hypothetical protein  91.58 
 
 		 217 aa  361  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3383  cell wall hydrolase, SleB  72.16 
 
 		 208 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1158  cell wall hydrolase SleB  52.43 
 
 		 207 aa  218  3.9999999999999997e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2308  cell wall hydrolase, SleB  29.38 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4323  cell wall hydrolase SleB  38.71 
 
 		 375 aa  101  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2708  cell wall hydrolase, SleB  39.52 
 
 		 460 aa  97.8  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0730  cell wall hydrolase SleB  38.93 
 
 		 245 aa  95.9  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0498  cell wall hydrolase SleB  35.22 
 
 		 429 aa  95.9  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1860  hypothetical protein  38.1 
 
 		 240 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1195  cell wall hydrolase, SleB  39.68 
 
 		 220 aa  95.5  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723464  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0509  cell wall hydrolase, SleB  38.1 
 
 		 240 aa  95.5  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3504  cell wall hydrolase, SleB  35.45 
 
 		 466 aa  95.1  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0646  cell wall hydrolase, SleB  38.1 
 
 		 228 aa  94.4  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.221426 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1185  cell wall hydrolase, SleB  37.9 
 
 		 409 aa  94.4  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2729  cell wall hydrolase, SleB  36.89 
 
 		 229 aa  94  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2400  hypothetical protein  27.27 
 
 		 230 aa  94.4  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.459771  normal  0.693933 
 
 
-
 
NC_004310  BR0378  hypothetical protein  37.4 
 
 		 429 aa  91.7  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0542  cell wall hydrolase, SleB  34.88 
 
 		 179 aa  90.9  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0694  cell wall hydrolase, SleB  31.41 
 
 		 377 aa  90.1  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0856  cell wall hydrolase SleB  39.52 
 
 		 410 aa  90.5  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.11712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2834  cell wall hydrolase, SleB  33.71 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3012  cell wall hydrolase SleB  31.97 
 
 		 301 aa  89  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0510  cell wall hydrolase SleB  36.59 
 
 		 402 aa  87.8  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4342  cell wall hydrolase, SleB  38.1 
 
 		 476 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0925547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1225  cell wall hydrolase, SleB  35.71 
 
 		 474 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.31402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1244  cell wall hydrolase SleB  37.1 
 
 		 476 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.445074  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2709  cell wall hydrolase SleB  37.21 
 
 		 446 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1116  cell wall hydrolase SleB  38.71 
 
 		 433 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0552  cell wall hydrolase SleB  36.59 
 
 		 409 aa  85.9  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0445  cell wall hydrolase SleB  37.1 
 
 		 391 aa  85.9  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2848  cell wall hydrolase SleB  38.76 
 
 		 404 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0241878  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2889  cell wall hydrolase SleB  32.09 
 
 		 301 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3115  cell wall hydrolase SleB  32.09 
 
 		 301 aa  85.1  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0386161  normal  0.400578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2593  cell wall hydrolase SleB  36.51 
 
 		 432 aa  84.7  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1104  cell wall hydrolase, SleB  35.71 
 
 		 472 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.690282 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0607  cell wall hydrolase, SleB  33.61 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.356113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2361  hypothetical protein  34.92 
 
 		 496 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36307  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3837  cell wall hydrolase SleB  34.11 
 
 		 365 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4305  cell wall hydrolase SleB  32.28 
 
 		 412 aa  82  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4104  cell wall hydrolase, SleB  31.16 
 
 		 383 aa  80.9  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.878501  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2176  cell wall hydrolase, SleB  31.54 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.319369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1044  cell wall hydrolase, SleB  34.92 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11760  cell wall hydrolase SleB  35.66 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0630117  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0485  cell wall hydrolase SleB  35.61 
 
 		 186 aa  67  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2662  putative spore-cortex-lytic enzyme  34.38 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1369  hypothetical protein  31.21 
 
 		 478 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238194 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2348  spore-cortex-lytic enzyme, putative  35.29 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0449  spore cortex-lytic enzyme  29.17 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0108  cell wall hydrolase, SleB  31.25 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2175  spore cortex-lytic enzyme  34.95 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1113  cell wall hydrolase SleB  36.8 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05880  cell wall hydrolase SleB  36.28 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.84059e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  36.36 
 
 		 286 aa  58.5  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6175  cell wall hydrolase SleB  33.33 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6696  cell wall hydrolase SleB  34.38 
 
 		 235 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3357  cell wall hydrolase SleB  32.35 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.17779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  35.71 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2102  cell wall hydrolase, SleB  32.26 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2496  hypothetical protein  30.19 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0543  cell wall hydrolase, SleB  31.63 
 
 		 169 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1701  cell wall hydrolase SleB  31.68 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2483  spore cortex-lytic enzyme  31.06 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0343693  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1299  cell wall hydrolase SleB  34.82 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420178 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0934  cell wall hydrolase, SleB  30.19 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0249675  normal  0.838276 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4849  spore cortex-lytic enzyme  31.71 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2781  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  31.06 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120397  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2802  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  31.06 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.45164  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2760  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  31.06 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1897  spore cortex-lytic enzyme SleB  33.33 
 
 		 247 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0572878  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0042  spore cortex-lytic enzyme  37.27 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.415977  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  34.19 
 
 		 546 aa  54.3  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  32.17 
 
 		 310 aa  54.7  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2798  cell wall hydrolase SleB  32.26 
 
 		 245 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2922  cell wall hydrolase SleB  34.68 
 
 		 245 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.818359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3026  cell wall hydrolase SleB  32.26 
 
 		 245 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0983766  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1223  cell wall hydrolase family protein  34.69 
 
 		 284 aa  53.5  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0182396  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2059  putative lipoprotein  37.18 
 
 		 326 aa  53.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.332093  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5847  cell wall hydrolase SleB  32.99 
 
 		 287 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2532  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  28.49 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000946366 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2756  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  30.3 
 
 		 253 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000173118 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1793  cell wall hydrolase SleB  34.31 
 
 		 185 aa  53.1  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2553  spore cortex-lytic enzyme SleB  30.3 
 
 		 259 aa  52.8  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0187217  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2562  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  30.3 
 
 		 253 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00268297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2518  spore cortex-lytic enzyme  30.3 
 
 		 253 aa  52.8  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2748  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  30.3 
 
 		 253 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0765  cell wall hydrolase SleB  44.44 
 
 		 315 aa  52.4  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.769298  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1776  cell wall hydrolase SleB  28.67 
 
 		 194 aa  52.4  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1881  cell wall hydrolase SleB  33.33 
 
 		 242 aa  52.4  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.131836  normal  0.315565 
 
 
-
 
NC_004310  BR2145  putative lipoprotein  35.9 
 
 		 326 aa  52  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1928  cell wall hydrolase, SleB  24.19 
 
 		 169 aa  51.2  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal  0.0105522 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1894  hypothetical protein  31.87 
 
 		 129 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  32.26 
 
 		 277 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3463  cell wall hydrolase, SleB  22.22 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0100975 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6759  cell wall hydrolase SleB  45.45 
 
 		 278 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.582595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3533  cell wall hydrolase SleB  28.46 
 
 		 265 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000255893  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0894  cell wall hydrolase, SleB  31.68 
 
 		 235 aa  50.1  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  36.13 
 
 		 253 aa  49.7  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>