115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1225 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1104  cell wall hydrolase, SleB  84.1 
 
 		 472 aa  807    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.690282 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4342  cell wall hydrolase, SleB  71.97 
 
 		 476 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0925547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1225  cell wall hydrolase, SleB  100 
 
 		 474 aa  975    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.31402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1244  cell wall hydrolase SleB  73.66 
 
 		 476 aa  716    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.445074  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3504  cell wall hydrolase, SleB  63.85 
 
 		 466 aa  566  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2708  cell wall hydrolase, SleB  62.26 
 
 		 460 aa  558  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2361  hypothetical protein  60.8 
 
 		 496 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36307  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2593  cell wall hydrolase SleB  69.13 
 
 		 432 aa  234  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0445  cell wall hydrolase SleB  29.77 
 
 		 391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0694  cell wall hydrolase, SleB  31.95 
 
 		 377 aa  161  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0378  hypothetical protein  54.48 
 
 		 429 aa  160  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2709  cell wall hydrolase SleB  53.54 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0510  cell wall hydrolase SleB  53.12 
 
 		 402 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1116  cell wall hydrolase SleB  52.55 
 
 		 433 aa  156  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2848  cell wall hydrolase SleB  54.33 
 
 		 404 aa  157  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0241878  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0498  cell wall hydrolase SleB  54.55 
 
 		 429 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0552  cell wall hydrolase SleB  52.34 
 
 		 409 aa  154  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2889  cell wall hydrolase SleB  49.63 
 
 		 301 aa  154  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3115  cell wall hydrolase SleB  49.63 
 
 		 301 aa  154  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0386161  normal  0.400578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3837  cell wall hydrolase SleB  48.91 
 
 		 365 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3012  cell wall hydrolase SleB  51.18 
 
 		 301 aa  149  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0856  cell wall hydrolase SleB  51.52 
 
 		 410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.11712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4104  cell wall hydrolase, SleB  51.59 
 
 		 383 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.878501  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4323  cell wall hydrolase SleB  41.78 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0730  cell wall hydrolase SleB  41.5 
 
 		 245 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2400  hypothetical protein  47.58 
 
 		 230 aa  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.459771  normal  0.693933 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2308  cell wall hydrolase, SleB  44.36 
 
 		 214 aa  124  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2729  cell wall hydrolase, SleB  42.97 
 
 		 229 aa  118  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4305  cell wall hydrolase SleB  44.19 
 
 		 412 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1185  cell wall hydrolase, SleB  44.06 
 
 		 409 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1044  cell wall hydrolase, SleB  36.55 
 
 		 380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2176  cell wall hydrolase, SleB  42.4 
 
 		 255 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.319369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2834  cell wall hydrolase, SleB  45.16 
 
 		 221 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0607  cell wall hydrolase, SleB  37.67 
 
 		 376 aa  100  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.356113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1860  hypothetical protein  42.06 
 
 		 240 aa  100  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0509  cell wall hydrolase, SleB  42.06 
 
 		 240 aa  100  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0646  cell wall hydrolase, SleB  40.48 
 
 		 228 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.221426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2483  cell wall hydrolase SleB  35.48 
 
 		 203 aa  90.5  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.539309  normal  0.112371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3562  hypothetical protein  36.51 
 
 		 217 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0542  cell wall hydrolase, SleB  42.06 
 
 		 179 aa  89  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2212  cell wall hydrolase, SleB  35.71 
 
 		 203 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2359  cell wall hydrolase SleB  35.71 
 
 		 203 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1158  cell wall hydrolase SleB  34.4 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1195  cell wall hydrolase, SleB  36.5 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723464  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0108  cell wall hydrolase, SleB  33.9 
 
 		 209 aa  79  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3383  cell wall hydrolase, SleB  33.87 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1113  cell wall hydrolase SleB  36.8 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2059  putative lipoprotein  33.09 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.332093  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2562  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  28.09 
 
 		 253 aa  58.9  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00268297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2518  spore cortex-lytic enzyme  28.09 
 
 		 253 aa  58.9  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2748  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  28.09 
 
 		 253 aa  58.9  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2532  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  28.09 
 
 		 253 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000946366 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2756  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  28.09 
 
 		 253 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000173118 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2553  spore cortex-lytic enzyme SleB  27.07 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0187217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6175  cell wall hydrolase SleB  32.63 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2760  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  27.07 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2781  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  27.37 
 
 		 259 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2483  spore cortex-lytic enzyme  28.09 
 
 		 253 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0343693  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2802  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  27.37 
 
 		 259 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.45164  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6696  cell wall hydrolase SleB  31.5 
 
 		 235 aa  57  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2145  putative lipoprotein  31.62 
 
 		 326 aa  56.6  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0765  cell wall hydrolase SleB  29.5 
 
 		 315 aa  55.8  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.769298  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6759  cell wall hydrolase SleB  30.22 
 
 		 278 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.582595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2190  cell wall hydrolase, SleB  52.27 
 
 		 231 aa  55.1  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5847  cell wall hydrolase SleB  49.02 
 
 		 287 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1897  spore cortex-lytic enzyme SleB  26.97 
 
 		 247 aa  54.7  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0572878  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2496  hypothetical protein  31.5 
 
 		 166 aa  54.3  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0035  spore cortex-lytic enzyme  31.45 
 
 		 231 aa  53.9  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  30.08 
 
 		 546 aa  54.3  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  33.88 
 
 		 234 aa  53.9  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02539  cell Wall Hydrolase superfamily  30.94 
 
 		 153 aa  53.9  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0543  cell wall hydrolase, SleB  33.33 
 
 		 169 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0484  cell wall hydrolase SleB  24.61 
 
 		 241 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000226048  normal  0.576315 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1223  cell wall hydrolase family protein  48 
 
 		 284 aa  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0182396  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2922  cell wall hydrolase SleB  32.28 
 
 		 245 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.818359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03060  Spore cortex-lytic enzyme SleB  50 
 
 		 239 aa  51.2  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2415  cell wall hydrolase, SleB  29.92 
 
 		 233 aa  50.8  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.528951  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2798  cell wall hydrolase SleB  31.75 
 
 		 245 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3026  cell wall hydrolase SleB  31.75 
 
 		 245 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0983766  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0934  cell wall hydrolase, SleB  50 
 
 		 169 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0249675  normal  0.838276 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0449  spore cortex-lytic enzyme  30.33 
 
 		 267 aa  49.3  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1436  putative cell wall hydrolase  23.4 
 
 		 265 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000951619  hitchhiker  0.000921187 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  28.21 
 
 		 286 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3899  cell wall hydrolase SleB  54.55 
 
 		 165 aa  48.5  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3862  putative cell wall hydrolase  23.4 
 
 		 265 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000210035  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  35.21 
 
 		 310 aa  48.5  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3533  cell wall hydrolase SleB  24.36 
 
 		 265 aa  47.4  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000255893  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0796  cell wall hydrolase SleB  44.68 
 
 		 152 aa  47.4  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0554108  normal  0.138978 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3802  putative cell wall hydrolase  23.4 
 
 		 265 aa  47.4  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000430896  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3795  cell wall hydrolase, putative  23.4 
 
 		 265 aa  47  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000105599  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11760  cell wall hydrolase SleB  28.78 
 
 		 197 aa  47  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0630117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2175  spore cortex-lytic enzyme  29.51 
 
 		 270 aa  47  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0485  cell wall hydrolase SleB  28.09 
 
 		 186 aa  46.6  0.0009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3606  cell wall hydrolase  34.55 
 
 		 265 aa  46.6  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000694282  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3503  cell wall hydrolase  34.55 
 
 		 265 aa  46.6  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.350139999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3515  cell wall hydrolase; spore-cortex lytic enzyme  34.55 
 
 		 265 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000982818  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1793  cell wall hydrolase SleB  30 
 
 		 185 aa  46.2  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1928  cell wall hydrolase, SleB  30.95 
 
 		 169 aa  46.2  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal  0.0105522 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1840  cell wall hydrolase SleB  40 
 
 		 264 aa  46.6  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645557  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1776  cell wall hydrolase SleB  38.71 
 
 		 194 aa  46.2  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>