122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2708 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2708  cell wall hydrolase, SleB  100 
 
 
460 aa  934    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3504  cell wall hydrolase, SleB  79.27 
 
 
466 aa  726    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4342  cell wall hydrolase, SleB  63.26 
 
 
476 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0925547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1104  cell wall hydrolase, SleB  63.87 
 
 
472 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.690282 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1244  cell wall hydrolase SleB  60.29 
 
 
476 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.445074  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1225  cell wall hydrolase, SleB  62.26 
 
 
474 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.31402  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2361  hypothetical protein  58.94 
 
 
496 aa  532  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36307  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2593  cell wall hydrolase SleB  69.8 
 
 
432 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0694  cell wall hydrolase, SleB  34.6 
 
 
377 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0378  hypothetical protein  59.84 
 
 
429 aa  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0445  cell wall hydrolase SleB  32.61 
 
 
391 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0510  cell wall hydrolase SleB  56.25 
 
 
402 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204895  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0498  cell wall hydrolase SleB  58.73 
 
 
429 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1116  cell wall hydrolase SleB  56.2 
 
 
433 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0552  cell wall hydrolase SleB  55.47 
 
 
409 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347701  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3837  cell wall hydrolase SleB  52.17 
 
 
365 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0856  cell wall hydrolase SleB  50.36 
 
 
410 aa  159  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.11712  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2889  cell wall hydrolase SleB  52.59 
 
 
301 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2709  cell wall hydrolase SleB  51.85 
 
 
446 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3115  cell wall hydrolase SleB  52.59 
 
 
301 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0386161  normal  0.400578 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2848  cell wall hydrolase SleB  53.33 
 
 
404 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0241878  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3012  cell wall hydrolase SleB  51.11 
 
 
301 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4104  cell wall hydrolase, SleB  53.97 
 
 
383 aa  149  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.878501  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2308  cell wall hydrolase, SleB  48.8 
 
 
214 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4323  cell wall hydrolase SleB  45.19 
 
 
375 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1185  cell wall hydrolase, SleB  47.95 
 
 
409 aa  129  9.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0730  cell wall hydrolase SleB  39.01 
 
 
245 aa  129  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4305  cell wall hydrolase SleB  46.92 
 
 
412 aa  127  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2400  hypothetical protein  46.77 
 
 
230 aa  127  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.459771  normal  0.693933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2729  cell wall hydrolase, SleB  44.53 
 
 
229 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813729  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1044  cell wall hydrolase, SleB  44.44 
 
 
380 aa  114  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2176  cell wall hydrolase, SleB  43.65 
 
 
255 aa  114  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.319369  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0607  cell wall hydrolase, SleB  39.56 
 
 
376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.356113  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2834  cell wall hydrolase, SleB  42.52 
 
 
221 aa  101  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1860  hypothetical protein  42.74 
 
 
240 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0509  cell wall hydrolase, SleB  42.74 
 
 
240 aa  99  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2359  cell wall hydrolase SleB  39.52 
 
 
203 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0646  cell wall hydrolase, SleB  41.94 
 
 
228 aa  96.7  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.221426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3562  hypothetical protein  38.71 
 
 
217 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2483  cell wall hydrolase SleB  37.1 
 
 
203 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.539309  normal  0.112371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2212  cell wall hydrolase, SleB  37.9 
 
 
203 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1158  cell wall hydrolase SleB  37.6 
 
 
207 aa  91.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0542  cell wall hydrolase, SleB  42.74 
 
 
179 aa  90.9  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3383  cell wall hydrolase, SleB  38.93 
 
 
208 aa  89  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1195  cell wall hydrolase, SleB  39.2 
 
 
220 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723464  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0108  cell wall hydrolase, SleB  30.77 
 
 
209 aa  78.6  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1113  cell wall hydrolase SleB  35.61 
 
 
187 aa  63.5  0.000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0035  spore cortex-lytic enzyme  33.87 
 
 
231 aa  60.8  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2059  putative lipoprotein  33.85 
 
 
326 aa  60.8  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.332093  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6175  cell wall hydrolase SleB  30.56 
 
 
226 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  34.13 
 
 
546 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0894  cell wall hydrolase, SleB  30.92 
 
 
235 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1223  cell wall hydrolase family protein  45.71 
 
 
284 aa  58.2  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0182396  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  31.29 
 
 
310 aa  57.4  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0543  cell wall hydrolase, SleB  34.09 
 
 
169 aa  57.4  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2145  putative lipoprotein  32.31 
 
 
326 aa  57  0.0000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  34.4 
 
 
234 aa  57  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2415  cell wall hydrolase, SleB  31.5 
 
 
233 aa  57  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.528951  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02539  cell Wall Hydrolase superfamily  34.35 
 
 
153 aa  56.6  0.0000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2190  cell wall hydrolase, SleB  54.55 
 
 
231 aa  55.8  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6759  cell wall hydrolase SleB  50 
 
 
278 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.582595  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0765  cell wall hydrolase SleB  51.02 
 
 
315 aa  55.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.769298  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0449  spore cortex-lytic enzyme  31.97 
 
 
267 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1897  spore cortex-lytic enzyme SleB  28.57 
 
 
247 aa  55.5  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0572878  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2553  spore cortex-lytic enzyme SleB  26.25 
 
 
259 aa  55.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0187217  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2483  spore cortex-lytic enzyme  29.51 
 
 
253 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0343693  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2496  hypothetical protein  34.31 
 
 
166 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2760  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  29.03 
 
 
259 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2756  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  29.03 
 
 
253 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000173118 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2781  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  29.03 
 
 
259 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120397  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1299  cell wall hydrolase SleB  31.67 
 
 
216 aa  54.3  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420178 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2562  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  29.51 
 
 
253 aa  54.3  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00268297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2518  spore cortex-lytic enzyme  29.51 
 
 
253 aa  54.3  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2748  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  29.51 
 
 
253 aa  54.3  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2802  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  29.03 
 
 
259 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.45164  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2532  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  29.51 
 
 
253 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000946366 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2102  cell wall hydrolase, SleB  30.33 
 
 
239 aa  53.9  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2175  spore cortex-lytic enzyme  31.15 
 
 
270 aa  53.9  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3463  cell wall hydrolase, SleB  32.58 
 
 
189 aa  53.5  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0100975 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11760  cell wall hydrolase SleB  33.86 
 
 
197 aa  53.1  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0630117  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0934  cell wall hydrolase, SleB  52.17 
 
 
169 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0249675  normal  0.838276 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1793  cell wall hydrolase SleB  32.5 
 
 
185 aa  52.8  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0484  cell wall hydrolase SleB  28.91 
 
 
241 aa  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000226048  normal  0.576315 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5847  cell wall hydrolase SleB  42.42 
 
 
287 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374564  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1701  cell wall hydrolase SleB  31.76 
 
 
203 aa  52.4  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  32.79 
 
 
286 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6696  cell wall hydrolase SleB  29.13 
 
 
235 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05880  cell wall hydrolase SleB  30.95 
 
 
229 aa  51.6  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.84059e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1949  cell wall hydrolase, SleB  32.5 
 
 
224 aa  51.6  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000201814  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03060  Spore cortex-lytic enzyme SleB  32.52 
 
 
239 aa  51.2  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3533  cell wall hydrolase SleB  25.5 
 
 
265 aa  50.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000255893  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1928  cell wall hydrolase, SleB  33.02 
 
 
169 aa  50.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal  0.0105522 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1894  hypothetical protein  35 
 
 
129 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3899  cell wall hydrolase SleB  39.13 
 
 
165 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1776  cell wall hydrolase SleB  36.9 
 
 
194 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2798  cell wall hydrolase SleB  34.38 
 
 
245 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1881  cell wall hydrolase SleB  25.49 
 
 
242 aa  49.3  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.131836  normal  0.315565 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3026  cell wall hydrolase SleB  34.38 
 
 
245 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0983766  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1709  spore cortex-lytic enzyme  25 
 
 
267 aa  48.5  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.233149  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2922  cell wall hydrolase SleB  31.5 
 
 
245 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.818359  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>