97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1104 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1244  cell wall hydrolase SleB  74.84 
 
 
476 aa  709    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.445074  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1225  cell wall hydrolase, SleB  84.1 
 
 
474 aa  820    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.31402  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4342  cell wall hydrolase, SleB  69.05 
 
 
476 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0925547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1104  cell wall hydrolase, SleB  100 
 
 
472 aa  969    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.690282 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3504  cell wall hydrolase, SleB  64.15 
 
 
466 aa  568  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2708  cell wall hydrolase, SleB  63.73 
 
 
460 aa  568  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2361  hypothetical protein  60.92 
 
 
496 aa  565  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36307  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2593  cell wall hydrolase SleB  69.13 
 
 
432 aa  236  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0378  hypothetical protein  56.69 
 
 
429 aa  160  6e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1116  cell wall hydrolase SleB  40.57 
 
 
433 aa  159  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3115  cell wall hydrolase SleB  51.85 
 
 
301 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0386161  normal  0.400578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2709  cell wall hydrolase SleB  51.85 
 
 
446 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2889  cell wall hydrolase SleB  51.85 
 
 
301 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0510  cell wall hydrolase SleB  51.85 
 
 
402 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204895  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0498  cell wall hydrolase SleB  32.23 
 
 
429 aa  158  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2848  cell wall hydrolase SleB  51.85 
 
 
404 aa  156  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0241878  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0445  cell wall hydrolase SleB  51.88 
 
 
391 aa  156  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3837  cell wall hydrolase SleB  49.64 
 
 
365 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3012  cell wall hydrolase SleB  51.11 
 
 
301 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0552  cell wall hydrolase SleB  52.34 
 
 
409 aa  154  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347701  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0694  cell wall hydrolase, SleB  50.74 
 
 
377 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0856  cell wall hydrolase SleB  50.76 
 
 
410 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.11712  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4104  cell wall hydrolase, SleB  50 
 
 
383 aa  141  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.878501  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4323  cell wall hydrolase SleB  43.15 
 
 
375 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0730  cell wall hydrolase SleB  43.07 
 
 
245 aa  121  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2400  hypothetical protein  45.16 
 
 
230 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.459771  normal  0.693933 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2308  cell wall hydrolase, SleB  41.04 
 
 
214 aa  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1044  cell wall hydrolase, SleB  37.84 
 
 
380 aa  117  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1185  cell wall hydrolase, SleB  44.76 
 
 
409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2729  cell wall hydrolase, SleB  42.19 
 
 
229 aa  114  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813729  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4305  cell wall hydrolase SleB  42.64 
 
 
412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1860  hypothetical protein  42.86 
 
 
240 aa  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2176  cell wall hydrolase, SleB  41.73 
 
 
255 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.319369  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0509  cell wall hydrolase, SleB  42.86 
 
 
240 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2834  cell wall hydrolase, SleB  45.67 
 
 
221 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0607  cell wall hydrolase, SleB  39.04 
 
 
376 aa  102  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.356113  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0646  cell wall hydrolase, SleB  41.27 
 
 
228 aa  99.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.221426 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0542  cell wall hydrolase, SleB  41.27 
 
 
179 aa  87  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2483  cell wall hydrolase SleB  35.48 
 
 
203 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.539309  normal  0.112371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3562  hypothetical protein  36.51 
 
 
217 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2212  cell wall hydrolase, SleB  35.71 
 
 
203 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2359  cell wall hydrolase SleB  35.71 
 
 
203 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1195  cell wall hydrolase, SleB  36.09 
 
 
220 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723464  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1158  cell wall hydrolase SleB  34.4 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0108  cell wall hydrolase, SleB  36.8 
 
 
209 aa  79.7  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3383  cell wall hydrolase, SleB  33.87 
 
 
208 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6175  cell wall hydrolase SleB  30.52 
 
 
226 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1113  cell wall hydrolase SleB  37.6 
 
 
187 aa  59.3  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2059  putative lipoprotein  33.09 
 
 
326 aa  58.2  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.332093  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2553  spore cortex-lytic enzyme SleB  27.04 
 
 
259 aa  57.4  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0187217  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2532  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  27.39 
 
 
253 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000946366 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2756  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  27.04 
 
 
253 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000173118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6696  cell wall hydrolase SleB  31.75 
 
 
235 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6759  cell wall hydrolase SleB  48.08 
 
 
278 aa  56.2  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.582595  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2748  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  27.04 
 
 
253 aa  56.2  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2518  spore cortex-lytic enzyme  27.04 
 
 
253 aa  56.2  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2562  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  27.04 
 
 
253 aa  56.2  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00268297  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2760  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  26.52 
 
 
259 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1897  spore cortex-lytic enzyme SleB  26.97 
 
 
247 aa  54.7  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0572878  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2802  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  26.52 
 
 
259 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.45164  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5847  cell wall hydrolase SleB  30.6 
 
 
287 aa  55.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374564  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2781  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  26.52 
 
 
259 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120397  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0765  cell wall hydrolase SleB  29.17 
 
 
315 aa  54.7  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.769298  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2483  spore cortex-lytic enzyme  27.04 
 
 
253 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0343693  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2145  putative lipoprotein  31.62 
 
 
326 aa  54.7  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3026  cell wall hydrolase SleB  32.54 
 
 
245 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0983766  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2798  cell wall hydrolase SleB  32.54 
 
 
245 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2190  cell wall hydrolase, SleB  50 
 
 
231 aa  53.1  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2496  hypothetical protein  31.5 
 
 
166 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1223  cell wall hydrolase family protein  48 
 
 
284 aa  51.6  0.00003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0182396  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2922  cell wall hydrolase SleB  31.5 
 
 
245 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.818359  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2415  cell wall hydrolase, SleB  27.91 
 
 
233 aa  51.2  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.528951  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0934  cell wall hydrolase, SleB  31.25 
 
 
169 aa  50.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0249675  normal  0.838276 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0035  spore cortex-lytic enzyme  30.65 
 
 
231 aa  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02539  cell Wall Hydrolase superfamily  32.06 
 
 
153 aa  50.4  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3899  cell wall hydrolase SleB  39.51 
 
 
165 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0543  cell wall hydrolase, SleB  32.28 
 
 
169 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  32.28 
 
 
234 aa  48.9  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  30.08 
 
 
546 aa  48.5  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0484  cell wall hydrolase SleB  36.76 
 
 
241 aa  48.9  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000226048  normal  0.576315 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03060  Spore cortex-lytic enzyme SleB  51.11 
 
 
239 aa  48.5  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0449  spore cortex-lytic enzyme  29.22 
 
 
267 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1881  cell wall hydrolase SleB  37.04 
 
 
242 aa  47.8  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.131836  normal  0.315565 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  36.36 
 
 
310 aa  45.8  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0796  cell wall hydrolase SleB  44.68 
 
 
152 aa  46.2  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0554108  normal  0.138978 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0485  cell wall hydrolase SleB  34.68 
 
 
186 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11760  cell wall hydrolase SleB  42.86 
 
 
197 aa  45.8  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0630117  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1709  spore cortex-lytic enzyme  42.31 
 
 
267 aa  45.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.233149  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1949  cell wall hydrolase, SleB  51.16 
 
 
224 aa  44.7  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000201814  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1776  cell wall hydrolase SleB  37.1 
 
 
194 aa  44.3  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2175  spore cortex-lytic enzyme  48.89 
 
 
270 aa  43.9  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1671  cell wall hydrolase SleB  43.18 
 
 
208 aa  43.9  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.535782  decreased coverage  0.0020174 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1928  cell wall hydrolase, SleB  46.67 
 
 
169 aa  43.5  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal  0.0105522 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1840  cell wall hydrolase SleB  38.89 
 
 
264 aa  43.5  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645557  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0894  cell wall hydrolase, SleB  27.63 
 
 
235 aa  43.5  0.007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1299  cell wall hydrolase SleB  28.69 
 
 
216 aa  43.5  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420178 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  44.44 
 
 
286 aa  43.1  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>