138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0542 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0542  cell wall hydrolase, SleB  100 
 
 		 179 aa  370  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0646  cell wall hydrolase, SleB  57.69 
 
 		 228 aa  157  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.221426 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1860  hypothetical protein  56.92 
 
 		 240 aa  155  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0509  cell wall hydrolase, SleB  56.92 
 
 		 240 aa  155  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2308  cell wall hydrolase, SleB  53.33 
 
 		 214 aa  133  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2400  hypothetical protein  53.66 
 
 		 230 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.459771  normal  0.693933 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4323  cell wall hydrolase SleB  48.8 
 
 		 375 aa  121  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2729  cell wall hydrolase, SleB  47.15 
 
 		 229 aa  117  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2834  cell wall hydrolase, SleB  40.12 
 
 		 221 aa  109  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2176  cell wall hydrolase, SleB  47.58 
 
 		 255 aa  108  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.319369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0552  cell wall hydrolase SleB  46.4 
 
 		 409 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0510  cell wall hydrolase SleB  45.6 
 
 		 402 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0445  cell wall hydrolase SleB  44.35 
 
 		 391 aa  104  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_004310  BR0378  hypothetical protein  37.97 
 
 		 429 aa  101  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3115  cell wall hydrolase SleB  42.65 
 
 		 301 aa  99  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0386161  normal  0.400578 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2889  cell wall hydrolase SleB  42.65 
 
 		 301 aa  99  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0694  cell wall hydrolase, SleB  44 
 
 		 377 aa  98.2  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3012  cell wall hydrolase SleB  41.79 
 
 		 301 aa  98.2  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2361  hypothetical protein  43.31 
 
 		 496 aa  97.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36307  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1185  cell wall hydrolase, SleB  43.9 
 
 		 409 aa  96.3  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1116  cell wall hydrolase SleB  41.13 
 
 		 433 aa  95.1  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0498  cell wall hydrolase SleB  41.6 
 
 		 429 aa  94.7  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4342  cell wall hydrolase, SleB  41.94 
 
 		 476 aa  94.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0925547 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4104  cell wall hydrolase, SleB  42.4 
 
 		 383 aa  94.4  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.878501  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0607  cell wall hydrolase, SleB  42.62 
 
 		 376 aa  94  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.356113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1195  cell wall hydrolase, SleB  40.44 
 
 		 220 aa  94  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723464  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2709  cell wall hydrolase SleB  41.27 
 
 		 446 aa  94  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1158  cell wall hydrolase SleB  36.64 
 
 		 207 aa  92.8  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3837  cell wall hydrolase SleB  40.44 
 
 		 365 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2848  cell wall hydrolase SleB  40.48 
 
 		 404 aa  91.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2708  cell wall hydrolase, SleB  42.74 
 
 		 460 aa  90.9  9e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0856  cell wall hydrolase SleB  39.53 
 
 		 410 aa  90.9  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.11712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3504  cell wall hydrolase, SleB  42.74 
 
 		 466 aa  90.5  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2359  cell wall hydrolase SleB  34.88 
 
 		 203 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1244  cell wall hydrolase SleB  41.94 
 
 		 476 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.445074  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3562  hypothetical protein  33.78 
 
 		 217 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0108  cell wall hydrolase, SleB  38.33 
 
 		 209 aa  90.1  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1225  cell wall hydrolase, SleB  42.06 
 
 		 474 aa  89  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.31402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2212  cell wall hydrolase, SleB  34.88 
 
 		 203 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2593  cell wall hydrolase SleB  40.16 
 
 		 432 aa  88.6  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2483  cell wall hydrolase SleB  35.66 
 
 		 203 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.539309  normal  0.112371 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1044  cell wall hydrolase, SleB  39.02 
 
 		 380 aa  87.8  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1104  cell wall hydrolase, SleB  41.27 
 
 		 472 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.690282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3383  cell wall hydrolase, SleB  34.96 
 
 		 208 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0730  cell wall hydrolase SleB  37.3 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3463  cell wall hydrolase, SleB  37.5 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0100975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4305  cell wall hydrolase SleB  32.26 
 
 		 412 aa  78.6  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0543  cell wall hydrolase, SleB  34.71 
 
 		 169 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1223  cell wall hydrolase family protein  34.09 
 
 		 284 aa  75.1  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0182396  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11760  cell wall hydrolase SleB  36.11 
 
 		 197 aa  74.3  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0630117  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0485  cell wall hydrolase SleB  30.43 
 
 		 186 aa  74.3  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2175  spore cortex-lytic enzyme  40.52 
 
 		 270 aa  73.9  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0449  spore cortex-lytic enzyme  40.52 
 
 		 267 aa  73.6  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02539  cell Wall Hydrolase superfamily  35.71 
 
 		 153 aa  73.9  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2415  cell wall hydrolase, SleB  42.02 
 
 		 233 aa  71.6  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.528951  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0796  cell wall hydrolase SleB  34.92 
 
 		 152 aa  70.9  0.000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0554108  normal  0.138978 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1881  cell wall hydrolase SleB  33.33 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.131836  normal  0.315565 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2662  putative spore-cortex-lytic enzyme  32.33 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  34.93 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1709  spore cortex-lytic enzyme  33.08 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.233149  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2348  spore-cortex-lytic enzyme, putative  31.58 
 
 		 200 aa  68.9  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2798  cell wall hydrolase SleB  32.41 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3026  cell wall hydrolase SleB  32.41 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0983766  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6696  cell wall hydrolase SleB  30 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2922  cell wall hydrolase SleB  33.1 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.818359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0035  spore cortex-lytic enzyme  39.67 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0934  cell wall hydrolase, SleB  35.56 
 
 		 169 aa  67  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0249675  normal  0.838276 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1113  cell wall hydrolase SleB  32.8 
 
 		 187 aa  67  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  38.02 
 
 		 546 aa  66.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03060  Spore cortex-lytic enzyme SleB  35.25 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1928  cell wall hydrolase, SleB  29.75 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal  0.0105522 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1897  spore cortex-lytic enzyme SleB  37.39 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0572878  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0607  cell wall hydrolase, SleB  34.87 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6175  cell wall hydrolase SleB  31.09 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2496  hypothetical protein  35.56 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2059  putative lipoprotein  30 
 
 		 326 aa  65.5  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.332093  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2102  cell wall hydrolase, SleB  34.17 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1793  cell wall hydrolase SleB  34.38 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0899  cell wall hydrolase SleB  33.33 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1894  hypothetical protein  34.23 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1776  cell wall hydrolase SleB  34.15 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0765  cell wall hydrolase SleB  30.89 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.769298  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1299  cell wall hydrolase SleB  36.13 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420178 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1701  cell wall hydrolase SleB  37.82 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2145  putative lipoprotein  32.32 
 
 		 326 aa  62.4  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  37.5 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2553  spore cortex-lytic enzyme SleB  35.96 
 
 		 259 aa  61.6  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0187217  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2562  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  35.65 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00268297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2518  spore cortex-lytic enzyme  35.65 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2483  spore cortex-lytic enzyme  35.65 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0343693  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2748  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  35.65 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2756  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  35.65 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000173118 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2532  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  35.65 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000946366 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2781  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  35.65 
 
 		 259 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120397  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3899  cell wall hydrolase SleB  34.17 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2802  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  35.65 
 
 		 259 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.45164  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2760  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  35.65 
 
 		 259 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0042  spore cortex-lytic enzyme  38.26 
 
 		 228 aa  61.2  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.415977  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6759  cell wall hydrolase SleB  30.66 
 
 		 278 aa  61.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.582595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05880  cell wall hydrolase SleB  31.45 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.84059e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>