87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1894 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0543  cell wall hydrolase, SleB  100 
 
 
169 aa  269  9e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1894  hypothetical protein  100 
 
 
129 aa  267  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2496  hypothetical protein  81.4 
 
 
166 aa  226  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0934  cell wall hydrolase, SleB  79.84 
 
 
169 aa  225  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0249675  normal  0.838276 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1928  cell wall hydrolase, SleB  75.59 
 
 
169 aa  212  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal  0.0105522 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0765  cell wall hydrolase SleB  65.85 
 
 
315 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.769298  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2145  putative lipoprotein  67.48 
 
 
326 aa  176  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2059  putative lipoprotein  67.48 
 
 
326 aa  175  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.332093  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1223  cell wall hydrolase family protein  65.87 
 
 
284 aa  165  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0182396  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5847  cell wall hydrolase SleB  56.56 
 
 
287 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374564  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6759  cell wall hydrolase SleB  56.91 
 
 
278 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.582595  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1671  cell wall hydrolase SleB  67.89 
 
 
208 aa  146  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.535782  decreased coverage  0.0020174 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6696  cell wall hydrolase SleB  56.67 
 
 
235 aa  143  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6175  cell wall hydrolase SleB  58.2 
 
 
226 aa  143  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2922  cell wall hydrolase SleB  54.46 
 
 
245 aa  133  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.818359  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3026  cell wall hydrolase SleB  53.57 
 
 
245 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0983766  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2798  cell wall hydrolase SleB  53.57 
 
 
245 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0542  cell wall hydrolase, SleB  34.23 
 
 
179 aa  63.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2308  cell wall hydrolase, SleB  36.56 
 
 
214 aa  55.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0607  cell wall hydrolase, SleB  36.56 
 
 
376 aa  55.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.356113  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2834  cell wall hydrolase, SleB  37.93 
 
 
221 aa  55.5  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1044  cell wall hydrolase, SleB  31.62 
 
 
380 aa  52.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0646  cell wall hydrolase, SleB  31.62 
 
 
228 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.221426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2483  cell wall hydrolase SleB  31.87 
 
 
203 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.539309  normal  0.112371 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0730  cell wall hydrolase SleB  33.6 
 
 
245 aa  52.4  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2400  hypothetical protein  31.18 
 
 
230 aa  51.6  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.459771  normal  0.693933 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0509  cell wall hydrolase, SleB  31.62 
 
 
240 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1860  hypothetical protein  31.62 
 
 
240 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2190  cell wall hydrolase, SleB  53.33 
 
 
231 aa  52  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2359  cell wall hydrolase SleB  31.87 
 
 
203 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3012  cell wall hydrolase SleB  35.11 
 
 
301 aa  50.8  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3504  cell wall hydrolase, SleB  35 
 
 
466 aa  50.8  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0108  cell wall hydrolase, SleB  33 
 
 
209 aa  50.8  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2708  cell wall hydrolase, SleB  35 
 
 
460 aa  50.4  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1116  cell wall hydrolase SleB  52.38 
 
 
433 aa  50.1  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2889  cell wall hydrolase SleB  34.41 
 
 
301 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1185  cell wall hydrolase, SleB  32.17 
 
 
409 aa  50.1  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3115  cell wall hydrolase SleB  34.41 
 
 
301 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0386161  normal  0.400578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0510  cell wall hydrolase SleB  37.23 
 
 
402 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204895  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1158  cell wall hydrolase SleB  27.35 
 
 
207 aa  49.3  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3463  cell wall hydrolase, SleB  33.64 
 
 
189 aa  48.9  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0100975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0552  cell wall hydrolase SleB  37.23 
 
 
409 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347701  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2729  cell wall hydrolase, SleB  29.35 
 
 
229 aa  48.5  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813729  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0856  cell wall hydrolase SleB  47.62 
 
 
410 aa  48.5  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.11712  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0243  copper amine oxidase-like protein  36.25 
 
 
282 aa  47.8  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000258984  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2212  cell wall hydrolase, SleB  30.77 
 
 
203 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3562  hypothetical protein  30.77 
 
 
217 aa  47  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3837  cell wall hydrolase SleB  34.41 
 
 
365 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1244  cell wall hydrolase SleB  35.11 
 
 
476 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.445074  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2348  spore-cortex-lytic enzyme, putative  43.18 
 
 
200 aa  46.2  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4323  cell wall hydrolase SleB  33.68 
 
 
375 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2662  putative spore-cortex-lytic enzyme  43.18 
 
 
200 aa  46.2  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1225  cell wall hydrolase, SleB  33.33 
 
 
474 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.31402  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2593  cell wall hydrolase SleB  53.85 
 
 
432 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2361  hypothetical protein  53.85 
 
 
496 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36307  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02539  cell Wall Hydrolase superfamily  25.86 
 
 
153 aa  45.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0796  cell wall hydrolase SleB  28.21 
 
 
152 aa  45.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0554108  normal  0.138978 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2709  cell wall hydrolase SleB  34.41 
 
 
446 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2176  cell wall hydrolase, SleB  32.48 
 
 
255 aa  44.7  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.319369  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0498  cell wall hydrolase SleB  30.77 
 
 
429 aa  44.3  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1113  cell wall hydrolase SleB  45.45 
 
 
187 aa  44.3  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0035  spore cortex-lytic enzyme  42.86 
 
 
231 aa  44.3  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05880  cell wall hydrolase SleB  35 
 
 
229 aa  44.3  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.84059e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4342  cell wall hydrolase, SleB  33.33 
 
 
476 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0925547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1104  cell wall hydrolase, SleB  32.23 
 
 
472 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.690282 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  34.78 
 
 
286 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11760  cell wall hydrolase SleB  47.73 
 
 
197 aa  42.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0630117  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0694  cell wall hydrolase, SleB  30.77 
 
 
377 aa  42.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  40.54 
 
 
304 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  35 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0485  cell wall hydrolase SleB  30.21 
 
 
186 aa  41.6  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2748  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  32.14 
 
 
253 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2802  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  32.14 
 
 
259 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.45164  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2483  spore cortex-lytic enzyme  32.14 
 
 
253 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0343693  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2760  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  32.14 
 
 
259 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2518  spore cortex-lytic enzyme  32.14 
 
 
253 aa  41.6  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2562  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  32.14 
 
 
253 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00268297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2532  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  32.14 
 
 
253 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000946366 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2756  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  32.14 
 
 
253 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000173118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2848  cell wall hydrolase SleB  38.24 
 
 
404 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0241878  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0378  hypothetical protein  30.77 
 
 
429 aa  42  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2781  spore cortex-lytic enzyme prepeptide  32.14 
 
 
259 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120397  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2553  spore cortex-lytic enzyme SleB  32.14 
 
 
259 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0187217  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  31.25 
 
 
310 aa  41.2  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3195  cell wall hydrolase, SleB  41.67 
 
 
234 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0445  cell wall hydrolase SleB  46.15 
 
 
391 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0607  cell wall hydrolase, SleB  38.1 
 
 
236 aa  40.4  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>