86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3383 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3383  cell wall hydrolase, SleB  100 
 
 		 208 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2483  cell wall hydrolase SleB  65.53 
 
 		 203 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.539309  normal  0.112371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2359  cell wall hydrolase SleB  66.17 
 
 		 203 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2212  cell wall hydrolase, SleB  65.5 
 
 		 203 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3562  hypothetical protein  65.5 
 
 		 217 aa  255  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1158  cell wall hydrolase SleB  57.21 
 
 		 207 aa  234  8e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1860  hypothetical protein  38.93 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0509  cell wall hydrolase, SleB  38.93 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0646  cell wall hydrolase, SleB  32.02 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.221426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4323  cell wall hydrolase SleB  33.86 
 
 		 375 aa  95.9  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1195  cell wall hydrolase, SleB  36.64 
 
 		 220 aa  92.8  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723464  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1185  cell wall hydrolase, SleB  36.92 
 
 		 409 aa  90.5  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2400  hypothetical protein  34.43 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.459771  normal  0.693933 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2708  cell wall hydrolase, SleB  38.93 
 
 		 460 aa  88.2  7e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4104  cell wall hydrolase, SleB  35.11 
 
 		 383 aa  88.2  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.878501  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2308  cell wall hydrolase, SleB  33.82 
 
 		 214 aa  88.2  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0730  cell wall hydrolase SleB  35.04 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0542  cell wall hydrolase, SleB  34.96 
 
 		 179 aa  86.7  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0607  cell wall hydrolase, SleB  35.25 
 
 		 376 aa  86.3  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.356113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3504  cell wall hydrolase, SleB  38.93 
 
 		 466 aa  85.9  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0498  cell wall hydrolase SleB  33.86 
 
 		 429 aa  85.9  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0378  hypothetical protein  33.86 
 
 		 429 aa  85.9  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2593  cell wall hydrolase SleB  35.81 
 
 		 432 aa  84.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0694  cell wall hydrolase, SleB  28.49 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0510  cell wall hydrolase SleB  34.35 
 
 		 402 aa  82  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.204895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0552  cell wall hydrolase SleB  34.35 
 
 		 409 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0445  cell wall hydrolase SleB  34.85 
 
 		 391 aa  81.6  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2848  cell wall hydrolase SleB  33.33 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0241878  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2834  cell wall hydrolase, SleB  30.39 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0954189 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2729  cell wall hydrolase, SleB  31.15 
 
 		 229 aa  78.2  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2709  cell wall hydrolase SleB  30.08 
 
 		 446 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2176  cell wall hydrolase, SleB  27.73 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.319369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3837  cell wall hydrolase SleB  31.01 
 
 		 365 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1116  cell wall hydrolase SleB  32.22 
 
 		 433 aa  75.9  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1225  cell wall hydrolase, SleB  33.87 
 
 		 474 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.31402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1104  cell wall hydrolase, SleB  33.87 
 
 		 472 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.690282 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4342  cell wall hydrolase, SleB  35.48 
 
 		 476 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0925547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2361  hypothetical protein  33.87 
 
 		 496 aa  73.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36307  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0856  cell wall hydrolase SleB  31.71 
 
 		 410 aa  73.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.11712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2889  cell wall hydrolase SleB  27.14 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4305  cell wall hydrolase SleB  29.92 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3115  cell wall hydrolase SleB  27.14 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0386161  normal  0.400578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1244  cell wall hydrolase SleB  34.11 
 
 		 476 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.445074  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3012  cell wall hydrolase SleB  27.13 
 
 		 301 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1044  cell wall hydrolase, SleB  33.61 
 
 		 380 aa  69.3  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0485  cell wall hydrolase SleB  31.97 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1223  cell wall hydrolase family protein  33.33 
 
 		 284 aa  55.5  0.0000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0182396  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6175  cell wall hydrolase SleB  30.71 
 
 		 226 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3026  cell wall hydrolase SleB  31.25 
 
 		 245 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0983766  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2798  cell wall hydrolase SleB  31.25 
 
 		 245 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1113  cell wall hydrolase SleB  33.6 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2922  cell wall hydrolase SleB  36.46 
 
 		 245 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.818359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11760  cell wall hydrolase SleB  29.79 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0630117  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1369  hypothetical protein  28.35 
 
 		 478 aa  53.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238194 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18530  hypothetical protein  27.27 
 
 		 170 aa  52  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.711957  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2662  putative spore-cortex-lytic enzyme  26.37 
 
 		 200 aa  52  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0108  cell wall hydrolase, SleB  29.69 
 
 		 209 aa  51.6  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3512  cell wall hydrolase SleB  37.5 
 
 		 400 aa  50.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000979534  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2348  spore-cortex-lytic enzyme, putative  26.37 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1299  cell wall hydrolase SleB  33.87 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3463  cell wall hydrolase, SleB  25.78 
 
 		 189 aa  49.7  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0100975 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  26.97 
 
 		 277 aa  48.9  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0894  cell wall hydrolase, SleB  35.35 
 
 		 235 aa  48.5  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1671  cell wall hydrolase SleB  37.88 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.535782  decreased coverage  0.0020174 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5847  cell wall hydrolase SleB  33.33 
 
 		 287 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1881  cell wall hydrolase SleB  33.01 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.131836  normal  0.315565 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  34.65 
 
 		 546 aa  47.8  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6759  cell wall hydrolase SleB  31.25 
 
 		 278 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.582595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1701  cell wall hydrolase SleB  28.74 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6696  cell wall hydrolase SleB  30.21 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05880  cell wall hydrolase SleB  30.77 
 
 		 229 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.84059e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0543  cell wall hydrolase, SleB  34.62 
 
 		 169 aa  46.6  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2102  cell wall hydrolase, SleB  33.01 
 
 		 239 aa  46.2  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2059  putative lipoprotein  33.01 
 
 		 326 aa  44.7  0.0009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.332093  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2496  hypothetical protein  29 
 
 		 166 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3357  cell wall hydrolase SleB  33.33 
 
 		 208 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.17779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0934  cell wall hydrolase, SleB  29 
 
 		 169 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0249675  normal  0.838276 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4849  spore cortex-lytic enzyme  28.57 
 
 		 228 aa  43.9  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  27.5 
 
 		 286 aa  43.5  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2145  putative lipoprotein  33.01 
 
 		 326 aa  43.9  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  29.93 
 
 		 234 aa  43.1  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3899  cell wall hydrolase SleB  32.32 
 
 		 165 aa  43.1  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.244131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1928  cell wall hydrolase, SleB  27.55 
 
 		 169 aa  42.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal  0.0105522 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0765  cell wall hydrolase SleB  35.42 
 
 		 315 aa  42.7  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.769298  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1776  cell wall hydrolase SleB  28.23 
 
 		 194 aa  42.4  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0899  cell wall hydrolase SleB  26.83 
 
 		 197 aa  42  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>