202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1970 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Alignment on homolog gene
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E-value
Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1970  VacJ family lipoprotein  100 
 
 		 260 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  0.0740313 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2594  VacJ family lipoprotein  43.96 
 
 		 270 aa  172  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.123162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2357  hypothetical protein  40.91 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27920  hypothetical protein  40.45 
 
 		 234 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32730  VacJ-like lipoprotein  38.53 
 
 		 234 aa  152  5e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1035  VacJ-like lipoprotein  41.67 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4906  VacJ-like lipoprotein  40 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2115  vacJ lipoprotein, putative  40.55 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0452943  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20570  VacJ-like lipoprotein  41.21 
 
 		 208 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0098  VacJ family lipoprotein  38.4 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000010266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4165  lipoprotein vacJ precursor  38.56 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.258271 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2959  lipoprotein precursor (VACJ) transmembrane  37.25 
 
 		 269 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.455376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1910  VacJ-like lipoprotein  37.87 
 
 		 233 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.429017  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2399  VacJ family lipoprotein  36.9 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106738 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0305  VacJ family lipoprotein  40.7 
 
 		 295 aa  138  7.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0357  VacJ family lipoprotein  38.52 
 
 		 261 aa  138  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.32783 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0099  VacJ family lipoprotein  38.05 
 
 		 252 aa  138  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1704  VacJ family lipoprotein  38.81 
 
 		 235 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1239  VacJ family lipoprotein  51.82 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.530475 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3237  VacJ family lipoprotein  37.25 
 
 		 267 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2657  VacJ family lipoprotein  41.8 
 
 		 251 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3579  VacJ family lipoprotein  37.9 
 
 		 235 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0247116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1927  VacJ family lipoprotein  39.73 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.265642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1110  surface lipoprotein-like  36.51 
 
 		 258 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2890  VacJ family lipoprotein  38.2 
 
 		 267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194076  normal  0.292718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3850  VacJ-like lipoprotein  39.55 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1016  VacJ family lipoprotein  38.04 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0140  VacJ family lipoprotein  36.54 
 
 		 273 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3119  VacJ-like lipoprotein  37.19 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.351213  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2163  VacJ family lipoprotein  37.44 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0344293  normal  0.998273 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1589  VacJ family lipoprotein  38.46 
 
 		 220 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1772  VacJ family lipoprotein  32.61 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.872962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2113  vacJ lipoprotein  32.61 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.551735  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0977  VacJ-like lipoprotein  43.79 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0585  VacJ-like lipoprotein  36.05 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000197626  normal  0.0896852 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2076  vacJ lipoprotein  37.87 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1471  VacJ-like lipoprotein  35.15 
 
 		 249 aa  129  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1680  VacJ family lipoprotein  35.9 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2403  VacJ family lipoprotein  40.57 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.875073  normal  0.29894 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1332  VacJ family lipoprotein  38.38 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154136  normal  1 
 
 
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NC_011901  Tgr7_2450  Surface lipoprotein-like protein  34.29 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.215842  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2787  VacJ-like lipoprotein  37.44 
 
 		 271 aa  128  7.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000448143  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2518  VacJ family lipoprotein  38.1 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0688  VacJ family lipoprotein  37.8 
 
 		 261 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7032  VacJ family lipoprotein  37.66 
 
 		 340 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0355666  hitchhiker  0.0000000126773 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4021  VacJ family lipoprotein  40.1 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.489684  normal  0.297563 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3098  putative lipoprotein  36.4 
 
 		 262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.633351  normal  0.297241 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0014  putative VacJ-like lipoprotein  36.82 
 
 		 338 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4134  VacJ family lipoprotein  37.24 
 
 		 336 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1157  VacJ family lipoprotein  35.95 
 
 		 248 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3256  VacJ-like lipoprotein  38.65 
 
 		 266 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5533  VacJ family lipoprotein  34.8 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0891  VacJ family lipoprotein  38.61 
 
 		 283 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35090  VacJ-like lipoprotein  47.76 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.807776  n/a   
 
 
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NC_007650  BTH_II2351  lipoprotein VacJ  35.02 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22290  hypothetical protein  45.65 
 
 		 267 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000128414  hitchhiker  1.919e-20 
 
 
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NC_007005  Psyr_3760  VacJ-like lipoprotein  40.24 
 
 		 270 aa  122  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.364095  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0450  VacJ lipoprotein  45.45 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.48332e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1886  hypothetical protein  43.62 
 
 		 270 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2938  VacJ-like lipoprotein  36.13 
 
 		 277 aa  122  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0055  VacJ-like lipoprotein  38.34 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.743056  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0891  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 262 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.363654  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1620  hypothetical protein  40.24 
 
 		 270 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2550  VacJ family lipoprotein  33.33 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.51859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0279  VacJ family lipoprotein  34.78 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1481  lipoprotein VacJ  34.18 
 
 		 324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2767  VacJ family lipoprotein  34.89 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.523341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2557  VacJ-like lipoprotein  34.89 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.829687  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3265  putative lipoprotein  34.18 
 
 		 342 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3152  putative lipoprotein  34.18 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.462557  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0021  VacJ-like lipoprotein  33.33 
 
 		 329 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1574  VacJ family lipoprotein  37.37 
 
 		 317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.729669 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2092  putative lipoprotein  33.76 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0340825  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5182  VacJ-like lipoprotein  33.33 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1287  VacJ family lipoprotein  41.84 
 
 		 274 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.616959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5677  VacJ family lipoprotein  33.33 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205363 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1120  putative lipoprotein  33.76 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4558  VacJ family lipoprotein  33.33 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1525 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2384  putative lipoprotein  33.76 
 
 		 330 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1400  putative lipoprotein  33.76 
 
 		 327 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2690  hypothetical protein  40.24 
 
 		 254 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0751  VacJ family lipoprotein  35.55 
 
 		 250 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3399  VacJ-like lipoprotein  35.64 
 
 		 241 aa  118  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0320  VacJ family lipoprotein  38.25 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0114383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3015  VacJ family lipoprotein  33.14 
 
 		 256 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00574462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0995  VacJ-like lipoprotein  41.04 
 
 		 747 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.4612 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0719  VacJ family lipoprotein  37.34 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2035  VacJ family lipoprotein  42.76 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.74121  normal  0.0517014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1737  VacJ family lipoprotein  41.84 
 
 		 248 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.577648  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01688  lipoprotein  35.68 
 
 		 296 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1563  VacJ family lipoprotein  34.33 
 
 		 232 aa  117  3e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010552  BamMC406_5502  VacJ family lipoprotein  34.16 
 
 		 334 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0790497  normal  0.0344756 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3183  VacJ family lipoprotein  33.04 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.096737  normal  0.0774844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3982  VacJ family lipoprotein  41.84 
 
 		 275 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0949858  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4949  VacJ family lipoprotein  33.82 
 
 		 334 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0509972 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1602  VacJ-like lipoprotein  43.36 
 
 		 262 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.4421  normal  0.6169 
 
 
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NC_008787  CJJ81176_1374  VacJ family lipoprotein  33.83 
 
 		 232 aa  115  5e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008044  TM1040_2480  VacJ-like lipoprotein  31.71 
 
 		 266 aa  115  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.0468041 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1329  VacJ family lipoprotein  39.41 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202604  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_03206  lipoprotein  38.89 
 
 		 352 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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