224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2505 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2505  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.646065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4809  transcriptional regulator  47.9 
 
 		 328 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.763098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55250  transcriptional regulator  45.43 
 
 		 328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000214379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1167  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12248  normal  0.176296 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0036  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000369238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0050  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0053  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0674011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0050  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  22.53 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  23.75 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  22.33 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  24.49 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  23.41 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  21.4 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  23.21 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2716  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  23.59 
 
 		 298 aa  57  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 290 aa  57  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 299 aa  57  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 304 aa  57  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 301 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 298 aa  55.1  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  23.43 
 
 		 324 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 301 aa  54.3  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  20.47 
 
 		 294 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1339  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 312 aa  53.1  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  25.57 
 
 		 305 aa  53.1  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 305 aa  52.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 291 aa  53.1  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 293 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  23.1 
 
 		 295 aa  52  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  23.13 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  22.15 
 
 		 317 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1666  gp58  26.64 
 
 		 384 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000292793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  23.98 
 
 		 315 aa  50.8  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  21.45 
 
 		 297 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 299 aa  51.2  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 308 aa  50.4  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  24.79 
 
 		 309 aa  50.4  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4989  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 318 aa  50.4  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 298 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  20.9 
 
 		 291 aa  50.4  0.00005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 313 aa  50.1  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 313 aa  50.1  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 295 aa  50.1  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  22 
 
 		 323 aa  50.1  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  24.15 
 
 		 306 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 283 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 307 aa  49.3  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.27 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 317 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 332 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  21.04 
 
 		 307 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 306 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 306 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 294 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 322 aa  48.5  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 315 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 296 aa  48.5  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  22.53 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  23.11 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 305 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 297 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 283 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  23.89 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 298 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 294 aa  47.8  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 297 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0232  transcriptional regulator, LysR family  24.53 
 
 		 346 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 301 aa  47.8  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 297 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 307 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 297 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  47  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  21.45 
 
 		 317 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 283 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 307 aa  47  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 288 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 295 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  23.88 
 
 		 296 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 311 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 299 aa  46.6  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 286 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>