274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0050 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0036  LysR family transcriptional regulator  99.69 
 
 		 322 aa  661    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000369238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0050  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  662    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0053  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  662    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0674011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0050  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  662    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1167  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12248  normal  0.176296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4809  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 328 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.763098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55250  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000214379 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2505  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 325 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.646065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  24.08 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  22.56 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  21.66 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0232  transcriptional regulator, LysR family  24.15 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  22.56 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 297 aa  57  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  22.74 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 301 aa  54.3  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 305 aa  53.5  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 287 aa  52.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2445  hypothetical protein  26.02 
 
 		 302 aa  52  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  22.8 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 290 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 		 299 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  22.67 
 
 		 326 aa  51.6  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  33.33 
 
 		 299 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0027  iron-regulated virulence regulatory protein IrgB  23.08 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0122386  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.17 
 
 		 309 aa  50.4  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.13 
 
 		 307 aa  50.8  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  24.43 
 
 		 298 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1178  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.867887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 299 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 317 aa  50.1  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2810  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 209 aa  50.1  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  20.86 
 
 		 315 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  24.43 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 318 aa  49.7  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 308 aa  49.7  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 312 aa  49.7  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  21.92 
 
 		 291 aa  49.3  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 316 aa  49.3  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 306 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4808  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123688  hitchhiker  0.000340462 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.62 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.57 
 
 		 299 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.62 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.62 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2621  LysR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 283 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  23.17 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  21.94 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.62 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.46 
 
 		 320 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1001  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2301  hypothetical protein  26.02 
 
 		 302 aa  48.5  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 291 aa  48.1  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 319 aa  48.1  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2769  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.937376  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  20.58 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 298 aa  47.8  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 304 aa  48.5  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 309 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 307 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 315 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  23.96 
 
 		 307 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1106  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 299 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.399323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.97 
 
 		 298 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5460  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.13 
 
 		 323 aa  47.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  22.82 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002469  iron-regulated virulence regulatory protein IrgB  26.19 
 
 		 297 aa  47.8  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.332225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 301 aa  47.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 297 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.97 
 
 		 320 aa  47  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  21.54 
 
 		 291 aa  47.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 302 aa  46.6  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  23.21 
 
 		 275 aa  47  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  24.26 
 
 		 326 aa  47  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3460  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 299 aa  46.6  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  22.04 
 
 		 302 aa  46.6  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 327 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.78 
 
 		 328 aa  46.6  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 301 aa  46.2  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>