More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1167 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1167  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12248  normal  0.176296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4809  transcriptional regulator  41.3 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.763098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55250  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000214379 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2505  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 325 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.646065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0050  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0053  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0674011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0050  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0036  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000369238 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  42.03 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3725  transcriptional regulator, LysR family protein  25.85 
 
 		 296 aa  55.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 300 aa  54.3  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 311 aa  53.1  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6249  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 325 aa  53.1  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.475963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 306 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4152  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 314 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 300 aa  51.6  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5829  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0302326  normal  0.18795 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 331 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 297 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 311 aa  50.4  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2295  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126851 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 297 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 286 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.68 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 286 aa  50.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1607  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 292 aa  50.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.771332  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  22 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  24.21 
 
 		 295 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.43 
 
 		 314 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 281 aa  50.1  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.43 
 
 		 306 aa  49.7  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.5 
 
 		 298 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1410  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 301 aa  49.7  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  normal  0.531112 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 286 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 293 aa  49.7  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  23.42 
 
 		 294 aa  49.7  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4160  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.68 
 
 		 295 aa  49.3  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415883  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  25.7 
 
 		 297 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 308 aa  49.3  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 291 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  24.52 
 
 		 304 aa  49.3  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 304 aa  48.9  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.98 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1472  transcription regulator protein  30.92 
 
 		 318 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.458682  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3086  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 289 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  23.59 
 
 		 320 aa  48.5  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.33 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  38.98 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 309 aa  48.9  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.33 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 295 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4989  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 318 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  23.14 
 
 		 309 aa  48.5  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.33 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000135  transcriptional regulator  23.81 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103567  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1357  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 322 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0438049 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1421  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 321 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112805  normal  0.410209 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.37 
 
 		 302 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2044  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 292 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0266448  normal  0.0977576 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  23.14 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0276  transcriptional regulator, LysR family protein  25.32 
 
 		 287 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160059  hitchhiker  0.0000019997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 312 aa  47.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2586  carbonate dehydratase  26.53 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0989  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179593 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0866  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0658558  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 291 aa  47.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1168  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 297 aa  47.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.391598 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>