More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1607 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1607  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  588  1e-167  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.771332  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3530  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 291 aa  328  5.0000000000000004e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0869195  normal  0.311442 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0978  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 293 aa  309  4e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.955439  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 320 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 348 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 328 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 295 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 		 328 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.94 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.8 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.62 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.12 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.25 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.87 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.07 
 
 		 303 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.27 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.27 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 308 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 330 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  33.33 
 
 		 339 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  31.01 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.82 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 336 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>