More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3530 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3530  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0869195  normal  0.311442 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1607  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 
292 aa  328  5.0000000000000004e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.771332  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0978  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
293 aa  291  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.955439  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 
308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
303 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 
303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
303 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
303 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.82 
 
 
303 aa  119  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
301 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
296 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.82 
 
 
303 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
303 aa  116  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.51 
 
 
303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
300 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.62 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.29 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.48 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.22 
 
 
303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
290 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  28.62 
 
 
306 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 
311 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  112  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
310 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 
311 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 
301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 
303 aa  109  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
290 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3945  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
303 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.95 
 
 
305 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.95 
 
 
305 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.95 
 
 
305 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 
309 aa  108  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
302 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
315 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 
320 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
320 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
336 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1034  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
292 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.621257  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  28.62 
 
 
299 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
310 aa  107  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
320 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.88 
 
 
297 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
295 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 
301 aa  106  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.53 
 
 
302 aa  105  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
304 aa  105  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
295 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 
295 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.66 
 
 
320 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.93 
 
 
313 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
297 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
296 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
316 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
296 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
295 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.26 
 
 
305 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 
295 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
302 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 
306 aa  102  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30 
 
 
305 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
313 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
298 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 
293 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>