More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3945 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3945  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  618  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2678  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 317 aa  172  7.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  32.65 
 
 		 316 aa  159  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.31 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 314 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.9 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.93 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  29.79 
 
 		 312 aa  142  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.16 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1241  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.493733  normal  0.0893214 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.9 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.09 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.05 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.52 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.52 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.52 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.97 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 		 348 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 311 aa  139  7.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.52 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.3 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.67 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.19 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.08 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3716  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.264158 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.67 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>