More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0978 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0978  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  588  1e-167  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.955439  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1607  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 292 aa  309  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.771332  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3530  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 291 aa  291  7e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0869195  normal  0.311442 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 312 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.41 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.64 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.25 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.91 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.15 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.25 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.25 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  29.15 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2914  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0105427  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.61 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.23 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.74 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.53 
 
 		 310 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 290 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 290 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 290 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.59 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.18 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4160  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.09 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 294 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 302 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 321 aa  105  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 289 aa  105  9e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.72 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.14 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.12 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.12 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.12 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.12 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.12 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 348 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 317 aa  102  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.71 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 292 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.44 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6478  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.21 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.21 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>