More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000135 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000135  transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  561  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  25.52 
 
 		 304 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  25.35 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0813  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.909105  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0080  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5692  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6541  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95038  normal  0.402814 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6056  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18637  normal  0.867565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  28.12 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 299 aa  102  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1663  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.459085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  24.55 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 313 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3290  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 297 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00939534  normal  0.176899 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 335 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4062  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0198165  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4520  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  0.633071 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  25.75 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  26.03 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 303 aa  99.4  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 298 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2966  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.23829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3086  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  22.07 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 289 aa  96.7  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.86 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  24.71 
 
 		 292 aa  96.3  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  24.4 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001683  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 315 aa  96.3  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  95.9  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 302 aa  95.9  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 292 aa  95.9  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4077  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 299 aa  95.9  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  23.53 
 
 		 307 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 315 aa  95.9  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 325 aa  95.5  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  23 
 
 		 299 aa  95.5  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 308 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 313 aa  95.5  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25.18 
 
 		 290 aa  95.5  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  23.05 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  25.18 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.29 
 
 		 300 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  26.74 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5109  transcriptional regulator LysR family  24.83 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  23.73 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0307  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 322 aa  94.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  26.64 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 298 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 314 aa  94  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  25 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1536  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  23.53 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  23.51 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  24.19 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  23.84 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 302 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 314 aa  92.8  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 302 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  23.88 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 289 aa  92.8  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  26.14 
 
 		 293 aa  92.8  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>