More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1536 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1536  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  636    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.74 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  33.22 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0325  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  32.99 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.27 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  34.34 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 334 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 334 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  31.97 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 338 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 302 aa  153  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 334 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2966  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.23829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4012  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4354  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294193  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  30.95 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>