More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5109 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5109  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 299 aa  611  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4077  LysR family transcriptional regulator  85.28 
 
 		 299 aa  533  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1663  transcriptional regulator, LysR family  83.28 
 
 		 299 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.459085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3500  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.963487  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1929  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  34.71 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 293 aa  162  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 323 aa  155  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 302 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  30.1 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.29 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 295 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 313 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.25 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 289 aa  150  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  29.21 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.59 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  30.45 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 315 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 288 aa  146  5e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>