More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3725 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3725  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 
296 aa  617  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4160  LysR family substrate binding transcriptional regulator  53.45 
 
 
295 aa  323  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415883  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
298 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
298 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
298 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
298 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
326 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
309 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
312 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
296 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
296 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
312 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.97 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 
301 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
310 aa  119  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 
311 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.6 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
310 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.08 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.08 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.08 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 
330 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 
330 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.92 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.92 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.92 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 
330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.92 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.92 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.3 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
296 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.21 
 
 
306 aa  112  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
320 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2562  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 
294 aa  112  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
296 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  27.27 
 
 
294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5586  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.861314  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  28.99 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.87 
 
 
303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.8 
 
 
303 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 
303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 
303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.94 
 
 
303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 
303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 
330 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 
303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.12 
 
 
303 aa  109  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0853  putative glycine cleavage operon activator  27.66 
 
 
297 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
316 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.32 
 
 
329 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.32 
 
 
329 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.32 
 
 
329 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 
302 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
291 aa  108  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 
312 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
303 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
295 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
303 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.12 
 
 
303 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  25.17 
 
 
306 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
305 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  31.36 
 
 
299 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3580  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
294 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
320 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.17 
 
 
306 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1079  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
297 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.05 
 
 
303 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 
303 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 
304 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.86 
 
 
303 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.84 
 
 
307 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 
295 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 
315 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
295 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.84 
 
 
307 aa  106  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
298 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
306 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
295 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.78 
 
 
303 aa  106  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 
327 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 
287 aa  105  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>