More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3479 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3479  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 251 aa  496  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0476526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0118  IclR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 273 aa  188  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0920  IclR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687031  normal  0.0182204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3858  IclR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 278 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.8679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1381  transcriptional regulator, IclR family  32.37 
 
 		 259 aa  101  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0265697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3903  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.575083  normal  0.758857 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3800  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3842  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312233  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3734  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  27.2 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 283 aa  95.1  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 261 aa  94.7  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 262 aa  94.4  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4694  transcriptional regulator, IclR family  31.67 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.116545  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  25.6 
 
 		 254 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 268 aa  92.4  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 254 aa  92  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  24.89 
 
 		 256 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3950  IclR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 267 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000408149  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  28.18 
 
 		 280 aa  90.1  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 272 aa  90.1  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4416  transcriptional regulator, IclR family  28.15 
 
 		 251 aa  89.4  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1486  transcriptional regulator, IclR family  30.58 
 
 		 260 aa  89  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  26.85 
 
 		 259 aa  88.6  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0364  IclR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 265 aa  87  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 283 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 254 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4369  IclR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 266 aa  87  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5069  transcriptional regulator, IclR family  32.67 
 
 		 251 aa  87.8  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.469933  normal  0.455404 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  27.07 
 
 		 287 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  28.05 
 
 		 260 aa  86.3  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 260 aa  86.7  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  27.92 
 
 		 247 aa  85.9  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4475  transcriptional regulator, IclR family  25.54 
 
 		 258 aa  85.5  8e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0192379  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0804  regulatory proteins, IclR  26.36 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542062  unclonable  0.0000000637978 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  28 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  30 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  27.56 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  30.19 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  27.6 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  26.01 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0416  regulatory proteins, IclR  22.41 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000505949  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3648  transcriptional regulator, IclR family  29.55 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  30.48 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  28.11 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  26.09 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4019  transcriptional regulator, IclR family  26.98 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  27.15 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1725  IclR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 279 aa  82  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.200124  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  26.32 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 269 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4391  transcriptional regulator, IclR family  23.83 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.143749  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4196  IclR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 576 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.858157  normal  0.133552 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  24.68 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18740  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.691347  normal  0.112015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0041  IclR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  25.65 
 
 		 257 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4215  regulatory proteins, IclR  31.36 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3720  IclR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 554 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.261625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 264 aa  79.7  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2252  transcriptional regulator, IclR family  24.58 
 
 		 263 aa  79.3  0.00000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.128917  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  25.81 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  26.85 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5397  transcriptional regulator, IclR family  27.75 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.429612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  30.84 
 
 		 273 aa  78.6  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  27.68 
 
 		 265 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  29.47 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2325  transcriptional regulator, IclR family  28.24 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.82 
 
 		 569 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2367  IclR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.054523  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  26.83 
 
 		 248 aa  77.4  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  28.92 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  26.7 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  23.58 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  27.35 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2238  transcriptional regulator, IclR family  27 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.399676  normal  0.216558 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  26.89 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4056  transcriptional regulator, IclR family  27.83 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  26.98 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  29 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>