More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4307 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  100 
 
 
273 aa  550  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  75 
 
 
295 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  49.44 
 
 
273 aa  260  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  46.64 
 
 
282 aa  243  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  46.85 
 
 
275 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  45.04 
 
 
269 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  46.89 
 
 
279 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  42.59 
 
 
280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  44.78 
 
 
280 aa  215  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  44.78 
 
 
280 aa  215  5e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  44.78 
 
 
280 aa  215  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  41.7 
 
 
280 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  41.35 
 
 
279 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  43.07 
 
 
274 aa  209  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  41.97 
 
 
274 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  43.12 
 
 
277 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  41.97 
 
 
274 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  41.97 
 
 
274 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  41.97 
 
 
274 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  41.97 
 
 
274 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
284 aa  206  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  41.39 
 
 
277 aa  201  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  42.54 
 
 
276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  40.45 
 
 
276 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  42.55 
 
 
275 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  39.03 
 
 
276 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  40.89 
 
 
276 aa  198  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0481  transcriptional regulator IclR  41.98 
 
 
284 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  39.03 
 
 
276 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  39.85 
 
 
277 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  37.55 
 
 
265 aa  187  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  34.39 
 
 
277 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
283 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
262 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
267 aa  168  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
268 aa  165  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  33.72 
 
 
271 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  33.72 
 
 
271 aa  165  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  33.72 
 
 
271 aa  165  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  33.72 
 
 
271 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  33.72 
 
 
271 aa  165  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  33.72 
 
 
271 aa  165  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.29 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.29 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  33.33 
 
 
271 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  30.08 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
276 aa  162  6e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
261 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.34 
 
 
272 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.34 
 
 
272 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.34 
 
 
272 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.34 
 
 
272 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  34 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  38.28 
 
 
276 aa  152  5e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.08 
 
 
261 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  35.2 
 
 
290 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  35.9 
 
 
255 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  31.3 
 
 
257 aa  150  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
272 aa  149  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  35.32 
 
 
257 aa  148  8e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  35.48 
 
 
256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  36.43 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  36.36 
 
 
257 aa  145  9e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
260 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
261 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  31.86 
 
 
254 aa  143  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 
267 aa  142  5e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  30.5 
 
 
260 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  37.45 
 
 
257 aa  139  7e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
260 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 
263 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 
263 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  30.5 
 
 
260 aa  137  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 
263 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 
263 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  31.08 
 
 
263 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0430  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
255 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0855586  normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 
260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 
251 aa  135  5e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  30.71 
 
 
263 aa  135  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  29.96 
 
 
263 aa  135  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.96 
 
 
263 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
263 aa  135  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  29.96 
 
 
263 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  29.96 
 
 
263 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  29.96 
 
 
263 aa  135  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  29.96 
 
 
263 aa  135  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  29.96 
 
 
263 aa  135  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  25 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  29.67 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0309456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>