More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2698 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  568  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  68.25 
 
 		 284 aa  376  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  56.15 
 
 		 279 aa  275  9e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  49.44 
 
 		 282 aa  262  4e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  47.71 
 
 		 269 aa  256  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  47.94 
 
 		 276 aa  244  9e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  46.42 
 
 		 276 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  45.66 
 
 		 280 aa  238  8e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 276 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 273 aa  229  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  43.63 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  41.7 
 
 		 273 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  41.77 
 
 		 276 aa  195  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  40.71 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  40.71 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  40.71 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  40.31 
 
 		 276 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  39.1 
 
 		 277 aa  188  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  38.8 
 
 		 275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  37.88 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  36.74 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  36.74 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  36.74 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  36.74 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  36.74 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  38.96 
 
 		 277 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  39.76 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  37.8 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  34.85 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 276 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  36.07 
 
 		 255 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  34.68 
 
 		 277 aa  155  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 		 256 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0481  transcriptional regulator IclR  38.02 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  32.4 
 
 		 257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  31.56 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  31.56 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.56 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.56 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.56 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  31.56 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.18 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  34.57 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.2 
 
 		 256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.2 
 
 		 256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 260 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34.68 
 
 		 256 aa  139  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.2 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.2 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.2 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  31.2 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  32.8 
 
 		 280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 260 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  34.47 
 
 		 248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 259 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 267 aa  135  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 268 aa  135  7.000000000000001e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 254 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 263 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  34.05 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  29.78 
 
 		 260 aa  133  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 261 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  27.49 
 
 		 260 aa  132  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  35.74 
 
 		 265 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  34.04 
 
 		 254 aa  132  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  37.05 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  27.09 
 
 		 260 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 265 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.36 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  30.36 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  30.36 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  30.36 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  30.36 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  30.36 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  32.67 
 
 		 252 aa  129  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  30.77 
 
 		 263 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  30.36 
 
 		 263 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  30.77 
 
 		 263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  30.77 
 
 		 263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  30.77 
 
 		 263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>