More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2164 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 
277 aa  542  1e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  56.37 
 
 
265 aa  291  9e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  56.87 
 
 
276 aa  286  2e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  41.54 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.54 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.129581 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  41.54 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  41.54 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.54 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
283 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.54 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.15 
 
 
271 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  40.81 
 
 
284 aa  193  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  42.17 
 
 
256 aa  193  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  42.17 
 
 
256 aa  193  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
275 aa  191  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
267 aa  186  5e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
272 aa  185  8e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
268 aa  182  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  40.15 
 
 
272 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  40.15 
 
 
272 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  40.15 
 
 
272 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  40.15 
 
 
272 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  37.15 
 
 
295 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  43.15 
 
 
248 aa  176  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
262 aa  173  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  34.39 
 
 
273 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  37.8 
 
 
259 aa  172  5.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  36.92 
 
 
276 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
260 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  37.36 
 
 
277 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  33.73 
 
 
260 aa  170  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
260 aa  169  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  36.54 
 
 
277 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
273 aa  169  6e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  39 
 
 
279 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
269 aa  168  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  33.47 
 
 
265 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  33.6 
 
 
256 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  36.76 
 
 
277 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  36.29 
 
 
276 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 
260 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  36.78 
 
 
274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  35.23 
 
 
280 aa  165  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  35.23 
 
 
280 aa  165  8e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  35.23 
 
 
280 aa  165  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  35.71 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 
260 aa  163  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  34.52 
 
 
280 aa  163  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  36.55 
 
 
255 aa  163  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  33.86 
 
 
263 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 
260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  36.02 
 
 
274 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  36.02 
 
 
274 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  36.02 
 
 
274 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  36.02 
 
 
274 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  36.02 
 
 
274 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  34.66 
 
 
263 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  33.73 
 
 
263 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  34.26 
 
 
263 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
267 aa  160  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  34.41 
 
 
257 aa  159  4e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  42.53 
 
 
260 aa  159  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
257 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  40.91 
 
 
255 aa  159  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 
252 aa  158  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
261 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
284 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  37.5 
 
 
290 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  36.69 
 
 
265 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  36.29 
 
 
275 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
265 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  34.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
263 aa  156  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  156  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  34.01 
 
 
257 aa  155  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  34.26 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  36.65 
 
 
280 aa  155  8e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  33.73 
 
 
263 aa  155  9e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
280 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  32.26 
 
 
261 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>