More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3776 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  100 
 
 		 276 aa  565  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  96.38 
 
 		 277 aa  550  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  85.09 
 
 		 277 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  83.7 
 
 		 277 aa  475  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  81.09 
 
 		 280 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  81.09 
 
 		 280 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  81.09 
 
 		 280 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  81.52 
 
 		 276 aa  454  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  78.91 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  78.91 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  78.91 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  78.91 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  78.91 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  77.9 
 
 		 274 aa  442  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  78.55 
 
 		 275 aa  426  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 284 aa  232  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.83 
 
 		 271 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  41.83 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.83 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  41.83 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  41.83 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.83 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  41.83 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  42.15 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  42.15 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 275 aa  202  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  43.03 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  43.03 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  43.03 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  43.03 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  40.89 
 
 		 273 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  40.64 
 
 		 279 aa  194  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 280 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 280 aa  192  5e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 273 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 276 aa  185  6e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  40.3 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 260 aa  182  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0481  transcriptional regulator IclR  38.01 
 
 		 284 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 284 aa  173  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 269 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  36.92 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 282 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  37.96 
 
 		 265 aa  168  8e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  36.95 
 
 		 279 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  36.63 
 
 		 259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  32.1 
 
 		 256 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  35.89 
 
 		 248 aa  158  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  36.25 
 
 		 276 aa  155  8e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  33.33 
 
 		 276 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  33.47 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 267 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  31.88 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 256 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 283 aa  148  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  32.61 
 
 		 254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  35.16 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  36.61 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 258 aa  142  7e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  33.61 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  35.44 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 251 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  32.38 
 
 		 258 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  32.78 
 
 		 255 aa  138  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  34.51 
 
 		 251 aa  138  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  35.62 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  29.51 
 
 		 260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  32.95 
 
 		 265 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 260 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  36.32 
 
 		 254 aa  135  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  29.51 
 
 		 260 aa  135  9e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  31.51 
 
 		 262 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  35.47 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 260 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  35.81 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  29.51 
 
 		 260 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  35.77 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  36.02 
 
 		 258 aa  132  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  31.25 
 
 		 257 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  30.28 
 
 		 252 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>