More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0656 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 260 aa  529  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  99.23 
 
 		 260 aa  526  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  91.15 
 
 		 260 aa  493  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  83.46 
 
 		 260 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  80.77 
 
 		 260 aa  448  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  80 
 
 		 260 aa  442  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  79.23 
 
 		 260 aa  441  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  74.33 
 
 		 261 aa  409  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  70.31 
 
 		 265 aa  382  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  64.48 
 
 		 265 aa  338  5.9999999999999996e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 257 aa  318  7e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  58.08 
 
 		 263 aa  316  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  50 
 
 		 259 aa  271  7e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  53.04 
 
 		 257 aa  270  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2259  IclR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 260 aa  267  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.10057  hitchhiker  0.0000000211035 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  50.78 
 
 		 257 aa  266  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 254 aa  218  7.999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 267 aa  192  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  37.55 
 
 		 256 aa  188  8e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  36.58 
 
 		 254 aa  186  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  37.55 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  37.35 
 
 		 275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  38.31 
 
 		 255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0741  IclR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000156602  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 256 aa  178  7e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  37.2 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  35.86 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 272 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  38.28 
 
 		 280 aa  176  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  37.3 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  37.35 
 
 		 252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  36.47 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  33.98 
 
 		 264 aa  168  1e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  36.72 
 
 		 265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  36.9 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  36.29 
 
 		 266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  36.29 
 
 		 266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  35.74 
 
 		 252 aa  161  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  37.95 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  34.94 
 
 		 252 aa  156  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  32.14 
 
 		 258 aa  155  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 263 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  34.78 
 
 		 263 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  34.14 
 
 		 263 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  32.66 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  36.68 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.93 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  32.93 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  32.82 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  32.05 
 
 		 263 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 		 257 aa  149  6e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  33.91 
 
 		 263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  30.8 
 
 		 269 aa  146  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  32 
 
 		 269 aa  145  6e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 276 aa  145  9e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  35.27 
 
 		 262 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  33.92 
 
 		 308 aa  143  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  35.08 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  35.27 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 550 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2354  IclR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 258 aa  141  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.185931  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  31.33 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  32.8 
 
 		 265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  31.89 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  31.33 
 
 		 277 aa  138  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 283 aa  138  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3286  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 251 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  34.87 
 
 		 254 aa  137  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 274 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 262 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  30.5 
 
 		 273 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  30.12 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  30.12 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  30.24 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>