More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0115 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 
279 aa  560  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  44.81 
 
 
284 aa  217  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  41.35 
 
 
273 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  43.43 
 
 
277 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  41.83 
 
 
280 aa  205  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  41.83 
 
 
280 aa  205  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  41.83 
 
 
280 aa  205  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  42.63 
 
 
277 aa  202  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  42 
 
 
275 aa  202  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  41.43 
 
 
275 aa  201  8e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0850662 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  40.64 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  40.24 
 
 
274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  40.24 
 
 
274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  40.24 
 
 
274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  40.24 
 
 
274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  40.24 
 
 
274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  40.64 
 
 
276 aa  195  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  38.55 
 
 
295 aa  193  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  40.64 
 
 
277 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  39.44 
 
 
276 aa  191  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  42.8 
 
 
261 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  40.55 
 
 
276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  37.35 
 
 
269 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  38.6 
 
 
276 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
273 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
276 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  35.66 
 
 
280 aa  175  6e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  38.31 
 
 
265 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  39 
 
 
277 aa  169  5e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
284 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
282 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 
257 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  35.51 
 
 
271 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.51 
 
 
271 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  35.51 
 
 
271 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.51 
 
 
271 aa  159  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.51 
 
 
256 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  35.51 
 
 
271 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.51 
 
 
271 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.51 
 
 
256 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.1 
 
 
271 aa  157  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  37.2 
 
 
279 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0481  transcriptional regulator IclR  40.08 
 
 
284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  31.23 
 
 
256 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
276 aa  150  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  32.67 
 
 
259 aa  148  7e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.29 
 
 
272 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.29 
 
 
272 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.29 
 
 
272 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  34.29 
 
 
272 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  34.81 
 
 
266 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
272 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
283 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  31.87 
 
 
261 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
260 aa  139  7e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 
262 aa  136  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 
267 aa  135  7.000000000000001e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  33.04 
 
 
254 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  35 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 
265 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  32.53 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  37.82 
 
 
290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  32.39 
 
 
265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  28.74 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3881  transcriptional regulator, IclR family  31.85 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0445714  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  31.84 
 
 
255 aa  126  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  33.46 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  35.95 
 
 
256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2008  transcriptional regulator IclR  26.53 
 
 
260 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
254 aa  125  7e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  35.56 
 
 
247 aa  125  7e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
262 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
261 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  34.12 
 
 
270 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
270 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  34.68 
 
 
281 aa  123  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
270 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  34.38 
 
 
257 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
246 aa  122  6e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  28.69 
 
 
246 aa  122  6e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  32.4 
 
 
277 aa  122  7e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
260 aa  122  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  35.02 
 
 
259 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
260 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  29.28 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  28.83 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  27.94 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>