More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3440 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 
273 aa  553  1e-157  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  49.44 
 
 
273 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  48.48 
 
 
295 aa  250  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  45.32 
 
 
280 aa  250  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  50.21 
 
 
279 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  44.87 
 
 
282 aa  236  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  44.36 
 
 
280 aa  229  5e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  45.04 
 
 
269 aa  229  5e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  46.96 
 
 
275 aa  225  7e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  46.31 
 
 
284 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  43.4 
 
 
276 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  43.02 
 
 
276 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
276 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
274 aa  206  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  38.64 
 
 
274 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  38.64 
 
 
274 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  38.64 
 
 
274 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  38.64 
 
 
274 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  38.64 
 
 
274 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  39.78 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  40 
 
 
277 aa  192  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  39.2 
 
 
276 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  34.52 
 
 
256 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  38.8 
 
 
277 aa  186  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  39.7 
 
 
277 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  38.96 
 
 
275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  38.8 
 
 
276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  40.08 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
284 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
260 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0481  transcriptional regulator IclR  39.7 
 
 
284 aa  178  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  33.87 
 
 
261 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  37.8 
 
 
259 aa  175  7e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  34.11 
 
 
265 aa  173  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  37.5 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  37.5 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  37.5 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  37.5 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  37.5 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  37.5 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  37.5 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
272 aa  171  9e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  37.14 
 
 
256 aa  169  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  37.14 
 
 
256 aa  169  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  37.8 
 
 
255 aa  169  6e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  35.51 
 
 
277 aa  169  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
268 aa  168  8e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  38.77 
 
 
256 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  36.55 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  36.63 
 
 
251 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  40 
 
 
257 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
283 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  36.03 
 
 
248 aa  159  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  35.95 
 
 
251 aa  159  5e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  36.67 
 
 
253 aa  159  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
276 aa  159  6e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1841  IclR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
261 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
267 aa  158  7e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
262 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  36.96 
 
 
290 aa  156  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
261 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.74 
 
 
272 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.74 
 
 
272 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  40.08 
 
 
257 aa  154  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.74 
 
 
272 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  35.74 
 
 
272 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  35.68 
 
 
276 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 
257 aa  153  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  35.74 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  36.67 
 
 
265 aa  153  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
260 aa  152  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  34.92 
 
 
281 aa  151  8.999999999999999e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4797  transcriptional regulator, IclR family  39.64 
 
 
258 aa  151  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 
267 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
260 aa  149  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  38.16 
 
 
249 aa  148  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.83 
 
 
257 aa  145  5e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  30.61 
 
 
263 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
283 aa  142  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  35.06 
 
 
254 aa  142  7e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  30.24 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  35.32 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3174  regulatory protein, IclR  33.07 
 
 
264 aa  140  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234934  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  34.36 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  30.24 
 
 
260 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.39 
 
 
263 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  29.39 
 
 
263 aa  137  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  29.39 
 
 
263 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>