More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3109 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  518  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  79.22 
 
 		 265 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  66 
 
 		 260 aa  333  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  64 
 
 		 260 aa  329  3e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  63.2 
 
 		 260 aa  320  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  62.8 
 
 		 260 aa  320  9.999999999999999e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 260 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  62.8 
 
 		 260 aa  318  7e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  62.8 
 
 		 260 aa  318  7e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  60.8 
 
 		 261 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  59.76 
 
 		 265 aa  288  7e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  50.6 
 
 		 263 aa  247  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  49.8 
 
 		 259 aa  238  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  45.75 
 
 		 257 aa  216  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  45.75 
 
 		 257 aa  215  7e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 254 aa  209  4e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2259  IclR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 260 aa  206  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.10057  hitchhiker  0.0000000211035 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  40.49 
 
 		 275 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  37.6 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  39.68 
 
 		 255 aa  165  8e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  39.36 
 
 		 259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  39.57 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  37.6 
 
 		 261 aa  162  7e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  41.04 
 
 		 280 aa  161  9e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  39.76 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 272 aa  159  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  36.33 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  36.8 
 
 		 257 aa  158  7e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  39.15 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  36.73 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  36.25 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  36.47 
 
 		 252 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  38.37 
 
 		 253 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  33.47 
 
 		 265 aa  148  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  34 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  35.29 
 
 		 252 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 269 aa  144  9e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  37.5 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  37.5 
 
 		 254 aa  142  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  38.86 
 
 		 251 aa  140  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  39.11 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0741  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 255 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000156602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  34.4 
 
 		 269 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  36.9 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  34.93 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  34.93 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  34.93 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  34.93 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 262 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  34.93 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  36.9 
 
 		 262 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  32.67 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  34.93 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.06 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  34.06 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  34.06 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0465  IclR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0093222  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  34.06 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  34.06 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  34.06 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  33.47 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  34.93 
 
 		 263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  34.06 
 
 		 263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 263 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 263 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2032  transcriptional regulator, IclR family  38.56 
 
 		 268 aa  135  9e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  34.5 
 
 		 263 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  34.5 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  33.47 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  34.06 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  35.68 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 258 aa  132  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  36.55 
 
 		 267 aa  132  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  35.37 
 
 		 249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  33.86 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  32.93 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 550 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  33.2 
 
 		 248 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  34.38 
 
 		 266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  34.38 
 
 		 266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2321  transcriptional regulator, IclR family  36.41 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.383235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0327  transcriptional regulator, IclR family  33.87 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.720721 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2872  transcriptional regulator, IclR family  31.85 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>