More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0118 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0118  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  550  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3479  regulatory proteins, IclR  43.75 
 
 		 251 aa  188  8e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0476526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0920  IclR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687031  normal  0.0182204 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 268 aa  109  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  30.24 
 
 		 256 aa  109  6e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  29.15 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  32.02 
 
 		 256 aa  106  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  33.6 
 
 		 267 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 254 aa  104  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 254 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1381  transcriptional regulator, IclR family  36.24 
 
 		 259 aa  103  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0265697  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  31.06 
 
 		 263 aa  102  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  34.94 
 
 		 262 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  34.94 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 263 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  29.53 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  29.89 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 257 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 260 aa  98.6  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  30.42 
 
 		 260 aa  98.6  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  29.12 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 260 aa  96.3  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  27.94 
 
 		 263 aa  95.9  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3858  IclR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 278 aa  95.5  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.8679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  27.2 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  30.31 
 
 		 269 aa  94.7  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  29.39 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  27.53 
 
 		 263 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 260 aa  93.2  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  26.69 
 
 		 263 aa  93.2  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 263 aa  93.2  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2380  IclR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 291 aa  92.4  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.610686  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 269 aa  92.8  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 263 aa  92  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 263 aa  91.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 263 aa  91.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  31.3 
 
 		 277 aa  91.7  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  27.02 
 
 		 263 aa  90.9  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  25.81 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  27.6 
 
 		 263 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  25.5 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3416  transcriptional regulator, IclR family  30.5 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  26.1 
 
 		 263 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  30.2 
 
 		 266 aa  89.7  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  28.98 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  30.2 
 
 		 266 aa  89.7  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4432  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 271 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  28.35 
 
 		 279 aa  89  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 262 aa  88.6  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  33.93 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0384  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0235844  hitchhiker  0.00703834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  31.25 
 
 		 251 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  25.7 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  25.7 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  25.7 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  25.7 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  26.29 
 
 		 275 aa  87.8  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  25.7 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  26.72 
 
 		 257 aa  86.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  30.74 
 
 		 280 aa  86.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0667  regulatory protein IclR  30.2 
 
 		 252 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6634  IclR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  86.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0992864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  27.56 
 
 		 277 aa  86.7  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  30.29 
 
 		 251 aa  86.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  33 
 
 		 261 aa  86.3  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0804  regulatory proteins, IclR  26.77 
 
 		 266 aa  86.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542062  unclonable  0.0000000637978 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 272 aa  85.5  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 269 aa  85.5  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  31.98 
 
 		 246 aa  85.5  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0364  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 265 aa  85.5  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  26.38 
 
 		 265 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  24.17 
 
 		 254 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3279  putative transcriptional regulator  25.88 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  30.15 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19700  transcriptional regulator, IclR family  32.14 
 
 		 272 aa  84.3  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.089385  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2325  transcriptional regulator, IclR family  29.64 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5126  transcriptional regulator, IclR family  29.96 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0465  IclR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0093222  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  27.43 
 
 		 277 aa  83.2  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  26.77 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 550 aa  83.2  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  25.51 
 
 		 253 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1239  IclR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38500  IclR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>